Una brecha entre la Tierra y los inframundos se ha abierto sobre la ciudad de Nueva York, atrapando a los neoyorquinos y a criaturas de otras dimensiones en una impenetrable burbuja. Han vivido juntos por años, en un mundo de loca ciencia ficción. Ahora alguien amenaza con destruir la burbuja, y un grupo de súper humanos con estilo está trabajando para evitar que eso suceda.
Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.
En el período de la larga guerra civil en Japón, el territorio está dividido en distintas provincias con un régimen semi-independiente de gobierno, regidas por los señores feudales que se enfrentan unos a otros en una lucha interminable por el poder y conquistar territorios. Estos señores de la guerra se alzaron en todos los rincones del archipiélago, creando una situación de guerra continua. Algunos de los líderes que se enfrentaron fueron: Takeda Shingen y Sanada Yukimura en Kai, Uesugi Kenshin en Echigo, Azai Nagamasa en Oumi, Honda Tadakatsu y Tokugawa Ieyasu en Mikawa, etc. Peero, un hombre parece estar a solo un paso de establecer un control total sobre el país, el Sexto Rey Demonio, Oda Nobunaga de Owari. Sin embargo, aparece un nuevo personaje en el escenario del conflicto, Date Masamune, el ?Dragón de un solo Ojo?, un joven general de las provincias del Norte. Sus objetivos son claros, la cabeza de Oda Nobunaga y conseguir el control por el clan Date.
Después de la Tercera Guerra Mundial, el planeta se volvió un lugar desolado, y el agua se convirtió en el recurso más apetecido por las personas alrededor del mundo. Ya no es la inteligencia ni la habilidad es lo que reina en este mundo, sino que la fuerza, específicamente, la fuerza bruta. Es por eso que son los más fuertes los que dominan el mundo. Esto cambiará cuando El Puño de la Estrella Del Norte llegue a esas tierras, este personaje, descendiente de la más fuerte Arte Marcial nunca conocida, se encarga de ayudar a los pobladores a conseguir una vida más digna.
Kamui es un ninja del período Edo durante el gobierno del cuarto miembro del Shogunato Tokugawa, Ietsuna Tokugawa entre 1651 y 1680, que decide desertar de su clan. Al hacerlo es acosado por los demás miembros del mismo; quienes quieren matarlo por considerarlo un traidor. Por eso Kamui debe vagar constantemente por Japón para escapar de ellos y usar toda su inteligencia y grandes habilidades para sobrevivir. En el transcurso de la serie Kamui comienza a sufrir de paranoia como consecuencia de su situación de perseguido. Kamui desconfía de la gente al creer que todos ellos quieren asesinarlo. La serie transcurre en tonos grises y un ambiente triste, quizás reflejando la miseria, pobreza y violencia de este período en especial de la historia de Japón.