La historia de este anime original comienza cuando la protagonista, una chica de 14 años llamada Ohto Ai, escucha una misteriosa voz mientras camina por la noche en su pueblo natal. Esa voz le otorga un huevo y le indica: “Si deseas cambiar el futuro, solo tienes que elegir ahora. Ahora, cree en ti misma y rompe el huevo”. Lo que le espera a Ai después de romper el huevo...
Un cálido día de verano en 1983, el estudiante transferido Maebara Keiichi llega a un pacífico pueblo rural en Hinamizawa. Allí, se hace amigo de sus compañeras de clase Rena, Mion, Rika y Satoko. Aceptado como un miembro oficial del “club”, Keiichi y la pandilla realizan diversas actividades como juegos de cartas y de mesa, así como a las escondidas. Pero justo cuando Keiichi comenzaba a acostumbrarse a la vida en el campo, se encuentra con la oscura historia detrás de Hinamizawa. Mientras Keiichi va desentrañando este oscuro misterio, descubrirá que sus nuevos amigos podrían no ser lo que aparentan.
Año 1926. El Batallón Aéreo de Magos 203 del Ejército Imperial, comandado por la Mayor Tanya von Degurechaff, se alzó con la victoria en la batalla del sur contra la República. Habiendo regresado bañados en gloria y con las mieles del éxito en la boca, esperaban poder descansar un poco, pero el cuartel general les envía nuevas órdenes especiales en el mismo momento en el que ponen un pie en casa. Su nueva misión es investigar los reportes de un despliegue a gran escala en la linde de la frontera entre el Imperio y la Federación. Ante el propspecto de un nuevo enemigo a batir, las llamas de la guerra se avivan en un desesperado Imperio, Mientras tanto, un ejército de voluntarios liderados por los Estados Unificados se adentra en territorio de la Federación. Como suele decirse: los enemigos de mis enemigos, son mis amigos. Pese a tener buenas intenciones, la desgracia recae sobre ellos en favor de los intereses nacionales, y entre ellos hay cierta joven. Es la suboficial Mary Sue, quien se ha alzado en armas para llevar al Imperio ante la justicia por haber asesinado a su padre.
Un día aparecen unas misteriosas criaturas voladoras llamadas Zai y destrozan todas las fuerzas aéreas de la humanidad. Para enfrentarlas, la humanidad modifica unas naves ya existentes para crear soldados mecanizados especiales llamados "Daughters", y que pilotan unos mecanismos autónomos llamados "Anima" con aspecto de chicas humanas. Narutani Kei es un chico que aspira a recuperar los cielos y un día se encuentra con una nave roja y su piloto, una Anima llamada Gripen que es el as mejor guardado de la humanidad.
Un paisaje que nunca nadie ha visto jamás. Sonidos que nadie ha escuchado nunca. Un aroma que nunca disfrutó nadie. Comida que nunca hemos probado. La emoción de experimentar algo nuevo por primera vez. Esta es la historia de una expedición que busca todo eso. Cuando lleguen a su destino, ¿qué es lo que pensarán? Un lugar salvaje más allá del mayor de los mares, el punto más al sur del planeta, alejado de toda civilización. Uno de los extremos de la tierra. Allí podremos ver la luz de la chispa de los vivos ojos de unas chicas que viven para disfrutar el mañana.
La historia comienza con Junichi “Jun” Hashiba, un estudiante de instituto no popular al que le preocupa perder su virginidad. Empujado por sus compañeros, Jun se pone de rodillas y confiesa su amor a su compañera de clase, Yukana Yame. La confesión sorprendentemente funciona y la pareja comienza a salir. Pero Jun se encuentra en tierra desconocida con Yame, una “gal” (gyaru) fashion y preocupada por las tendencias.
La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.
La historia de Shimoneta to Iu Gainen ga Sonzai Shinai Taikutsu na Sekai tiene lugar 16 años después de la promulgación de la “Ley de orden público y moral en la correcta educación de lo niños”, una norma que prohibió el lenguaje obsceno en el país. Tanukichi Okuma es un joven que consigue ser aceptado en el instituto líder en cuestiones de moralidad. Sin embargo, poco después es invitado a la Organización Anti-Social por su fundadora, Ayame Kaj?. Chantajeado por Ayame, el pobre debe hacerle a la presidenta del consejo estudiantil todo tipo de bromas obscenas. El problema es que Tanukichi está secretamente enamorado de ella.
La historia da comienzo cuando un muchacho de segundo año de instituto llamado Daichi Manatsu de repente ve en televisión un misterioso objeto circular multicolor flotando sobre Tanegashima, y lo hace el mismo día anterior a empezar sus vacaciones de verano. El misterio de la muerte accidental de su padre. Recuerdos de misteriosos chicos y chicas que conoció durante su infancia. Daichi llega a la isla repleto de complejas emociones y entonces la alarma salta en el centro espacial de Tanegashima cuando él se encuentra con el robot “Earth Engine”.
Takeshi Nanase es un estudiante de secundaria quien tiene un pasado un tanto oscuro. Debido a ciertas circunstancias, decidió empezar una relación de pareja "falsa" con su amiga de la infancia, Kurumi Isoshima. Sin embargo, un día, Takeshi se encuentra con Mui Aiba, una chica que lleva puesto un uniforme que nunca había visto antes, desplomada en el suelo de su instituto. Este encuentro cambiara el destino de Takeshi por completo, pues esta chica le cuenta a Takeshi que es una maga, y se disculpa con el, pues le ha convertido en mago también. Así pues, Takeshi descubre que no hay uno, sino dos mundos, el de los magos y el de los humanos.
La historia sigue a Utsutsu y Yume Hasegawa, un muchacho y su hermana pequeña que se encuentran completamente solos. Un día, Yume ve una misteriosa mariposa roja y su cuerpo sufre una extraña metamorfosis, convirtiéndose en una criatura que devora humanos. Utsutsu luchará por encontrar la manera de devolver a su hermana a su verdadera forma, aunque, como las células de el se regeneran a gran velocidad, se dejara comer poco a poco por su hermana para mantenerla con vida.
La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.
La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.
Haruhi Suzumiya, la chica de los aliens, viajeros del tiempo y personas con superpoderes vuelve en este "Complemento" con lo que nos faltó ver en la primera temporada. Basada en las novelas de Nagaru Tanigawa, Haruhi, en la primera temporada, fundó la Brigada SOS para encontrar seres paranormales y divertirse con ellos, este complementó tratará de la novela "Los Suspiros de Haruhi Suzumiya" junto con otras historias cortas que no fueron animadas en el 2006.
La historia de Kannagi empieza cuando Jin Mikuriya, un estudiante de arte, talla una estatua de la madera de una árbol sagrado y, de repente, la estatua cobra vida. Resulta que el árbol estaba poseído por una diosa guardiana, que ahora se ha encarnado en la estatua. La diosa, Nagi, se enfada muchísimo cuando descubre que su árbol sagrado ha sido cortado debido a reformas urbanísticas y se entristece mucho pensando que ya no podrá proteger a la gente de la tierra que guardaba. Pronto descubre que las "Impurezas" (que tienen forma de bichos), cuya existencia estaba suprimida por el árbol sagrado, se están despertando. Nagi no sabe como luchar contra ellos hasta que, inspirada por una serie de magical girls, decide crear una arma ritual, un oonusa, para obtener el poder que su cuerpo actual no tiene. El arma funciona y Nagi se queda a vivir con Jin mientras se dedica a limpiar las "Impurezas".
Yuuichi Aizawa se va a vivir a la casa de su prima Nayuki, en un diferente pueblo, aunque el solía pasar las vacaciones en este pueblo, el no había vuelto desde hace 7 años y además por alguna razón el casi no guarda ningún recuerdo de lo que paso cuando solía venir a visitar el pueblo, pero a medida que va conociendo a diferentes chicas, que al parecer el nunca había visto, va recordando poco a poco importantes fragmentos de su pasado que lo llevaran a descubrir lo que le paso en este pueblo hace siete años y la razón por la que no recuerda nada acerca de esto.
La serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecida en la ciudad ficticia de Ruananpur, en Tailandia. Se centra en el conflicto interno de Okajima Rokuro (Rock). Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca Revy que es una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todo los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en informática y sistemas de comunicación.
Eriko y sus amigas Yuma y Ayano están emocionadas por entrar a la escuela secundaria. Esto las lleva a romper las reglas incluso cuando llegan a visitar la escuela antes de la ceremonia de apertura. Ellas encuentran que su preconcepción de la escuela no será como se lo esperaban, a pesar de ello, Eriko y sus amigas tienen nuevas amigas, y esperan continuar en la escuela juntas.
