Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.

La chica ángel del futuro, quien tiene la misión de asesinar al creador del secreto para la juventud eterna es Dokuro-chan. Sin embargo ella es incapaz de cumplir su misión debido a sus sentimientos, entonces decide hacerlo a su manera. Es aquí donde veremos una historia llena de diversión, romance, aventura y mucha sangre.Ella nos enseñara una forma muy peculiar de mostrar afecto hacia los demás.