Todo el mundo ve a Hanabi y Mugi como una bonita pareja con una conducta excelente. Sin embargo, tras su relación aparentemente perfecta se esconde un secreto que no le pueden contar a nadie...

La historia transcurrirá seis años después de los sucesos de Chaos;Head, con la cual tendrá relación. El 6 de noviembre de 2009 en Shibuya ocurrió un terrible terremoto de 7.8 grados en la escala de Richter. Las bajas mortales llegaron a la friolera de 3.851 muertos. En 2015, una nueva historia comienza en Shibuya.

Cuenta 12 historias cortas que narran doce meses en la vida de Koyomi Araragi, quien comienza un nuevo semestre después de un encuentro entre el protagonista y una vampiresa durante las vacaciones de verano, y que finalizará con sus exámenes para acceder a la universidad.

"Boku dake ga Inai Machi" es una serie de ciencia ficción que cuenta la historia de Satory Fujinuma, un autor de manga sin mucho éxito que sufre de un peculiar fenómeno conocido como Resucitación en el cual se transporta a la fuerza atrás en el tiempo hasta el momento anterior de que ocurra algo que supone un peligro para una vida. Satoru no tarda en descubrir que el fenómeno persiste hasta que la causa de la amenaza desaparece.

La historia está protagonizada por Sohei Saikawa, un joven científico que trabaja en un laboratorio. Durante unas vacaciones junto a sus compañeros de trabajo, conoce a Moe Nishinosono, la hija de su mentor. La pareja descubrirá un cadáver, tras lo cual tendrán que trabajar juntos para resolver lo que luego evolucionará en un caso de asesinatos en serie.

Anna no tiene ningún amigo, ni siquiera en su barrio, hasta que conoce a Marnie en medio de los médanos. Sin embargo, Marnie guarda muchos misterios.

Es primavera. Como siempre, la recién llegada a tercer curso Tamako Kitashirakawa, no piensa en otra cosa que no sea en el mochi. Una noche, volviendo a casa desde clase, comienza a hablar con sus amigas, como siempre. Todas están nerviosas por lo que les deparará el futuro. Tamako responde sin dudarlo que ella quiere seguir con el negocio de mochis. Al mismo tiempo, el chico que vive al otro lado de su calle y que pasa tiempo con ella, Mochizou, toma cierta decisión. Varias cosas han cambiado a su alrededor, y el corazón de Tamako poco a poco comienza a vibrar…

Un mundo, para siempre más allá de sus expectativas. En un estrecho, oscuro mundo subterráneo de túneles y pozos sin fin, la gente usa trajes de protección y viven sus vidas duras y sin embargo feliz modestos. La princesa de la comunidad underground, patema, va a explorar, como siempre, inspirado en la curiosidad de las profundidades desconocidas del mundo. Su lugar favorito es la "zona de peligro", un área prohibida por la "regla" de la comunidad. A pesar de ser castigado con frecuencia por su Jii cuidador, que no puede contener su curiosidad por la razón detrás de la regla, porque nadie le diría cuál era el "peligro". Cuando se acerca el "secreto" oculto, la historia comienza.

La Escuela de Capacitación Agraria de Oezo se encuentra en un paraje idílico, ubicado en plena naturaleza. Allí estudia Yugo Hachiken. Allí vive. Allí se encuentra en su salsa. ¡Está a punto de brotar una historia labrada sobre la tierra con sudor y lágrimas!

Sigue la vida de Jesucristo y Buda, quienes viven en Japón como un par de jóvenes, compañeros de cuarto y mejores amigos. Jesús es un poco holgazán, sin preocupaciones, irresponsable, e impulsivo. Frecuentemente pide "permiso" a Buda para hacer o comprar cosas. Buda es calmado, racional, y preocupado por el bienestar de otros. Sin embargo, Buda siempre se asombra por el carácter de Jesús y su comportamiento. Cuando ambos hacen o dicen algo virtuoso una luz los ilumina sobre sus cabezas. Las personas no se dan cuenta que ellos son Jesús y Buda (algunas chicas dicen que Jesús se parece a Johnny Depp), así que ellos tratan de mantener en secreto su identidad.

Sigue la vida de Jesucristo y Buda, quienes viven en Japón como un par de jóvenes, compañeros de cuarto y mejores amigos. Jesús es un poco holgazán, sin preocupaciones, irresponsable, e impulsivo. Frecuentemente pide "permiso" a Buda para hacer o comprar cosas. Buda es calmado, racional, y preocupado por el bienestar de otros. Sin embargo, Buda siempre se asombra por el carácter de Jesús y su comportamiento. Cuando ambos hacen o dicen algo virtuoso una luz los ilumina sobre sus cabezas. Las personas no se dan cuenta que ellos son Jesús y Buda (algunas chicas dicen que Jesús se parece a Johnny Depp), así que ellos tratan de mantener en secreto su identidad.

Akitsu Masanosuke es un samurái que va a Edo en busca de trabajo, pero su carácter retraído y tímido hacen que se acobarde más de lo debido, así que le acaban echando de todos los trabajos de guardaespaldas. Empeñado en no trabajar de nada que no sea de samurái, el hambre comienza a apretarle. Un día conoce a Yaichi, el líder de una banda de secuestradores que le ofrecerá trabajar para él, pero claro, Masa es un hombre honrado y no quiere involucrarse con esas cosas... pero quiere comer.

Aquí se explica varios acontecimientos en la temporada "Zoku". Esta historia se ubica antes de la serie de televisión.

Shintaro Kurenai, un chico de 16 años, es un mediador, un especialista en resolver disputas entre la gente. A pesar de ser tan joven y de ser muy despreocupado, es un chico con unas habilidades increíbles a la hora de proteger a sus clientes y a sus propios intereses. Entonces, un día, le presentan a la hija de una familia rica y poderosa, proponiéndole ser su guardaespaldas, que de alguna manera termina siendo el propietario de la niña de siete años, autoproclamándose su prometido.

Zoku Sayonara Zetsubou SeNSEI es la continuación de Sayonara Zetsubou Sensei, trata sobre las vivencias de un profesor que se desespera por cualquier cosa y sus alumnos problematicos que termina empeorando todo. Cabe resaltar que aunque todo se desarrollo en una escuela mixta, la aparición de mujeres es apabullantemente superior a la de los hombres, esto cargado de algo de fan service más la comedia algo incoherente en algunas ocasiones resulta muy graciosa. El zetsubou sensei encontrara motivos para desesperarse en las cosas cotidianas, algo con lo que muchos se identificaran, aunque lo disfrutaríamos más si por lo menos tuvieramos nociones básicas del modus vivendi japones.

Por primera vez en su vida, Shinichi Chiaki siente que nada puede ser peor: su novia lo ha abandonado, sus fobias y manías lo consumen cada vez más y, por si fuera poco, su sueño de convertirse en un conductor de orquesta de fama mundial empieza a desvanecerse debido a su pésimo desempeño en la Academia de Música Momogaoka. Pero nada prepararía a este arrogante joven prodigio para el impacto que en su vida tendría Megumi Noda, una chica despreocupada y un tanto irresponsable que renueva en Chiaki la pasión por la música y la vida. Él, dedicado, tímido y metódico. Ella, alegre, extrovertida y desobligada. ¿Encontrará esta pareja una perfecta armonía?.

Dos chicas de la misma edad y mismo nombre se conocieron en el tren para ir a Tokio. Sus nombres son NANA. Una de ellas es una chica que quiere ser famosa con su grupo de música y la otra quiere estar con su novio que vive en Tokio. Después de conocerse ellas deciden vivir juntas en Tokio. Komatsu Nana comienza su nueva vida en Tokio con su novio Shoji, y los amigos de allí, Junko y Kyosuke. Por otro lado, Osaki Nana se prepara para su debut como vocalista de un grupo de punk rock llamado...

Koyuki es un chico japonés de 14 años que entra en la escuela secundaria con dos amigos de la infancia. El primero es Tanabe, el típico pervertido que no puede pensar más que en mujeres y que siempre está intentando fotografiar a las chicas en poses "comprometedoras", y el segundo es una atractiva estudiante llamada Izumi, era casi la única chica con la que se llevaba bien cuando era pequeño. La aburrida vida de Koyuki cambia cuando salva a un perro de extraña apariencia de unos niños que le querían dar una paliza. El dueño de Beck (el perro) resulta ser un guitarrista, Minami Ryuusuke. Los dos se hacen amigos y así comienza su divertida, loca, y a veces peligrosa aventura musical.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

Koshiro es un empleado de 27 años que vive con su padre y con el cual acaba de cortar su novia por ser demasiado frío. En el tren se encuentra con una estudiante de instituto, Nanoka Kohinata, llorando en el suelo, quien al salir precipitadamente pierde su cartera, y Koshiro sale tras ella para devolvérsela. A los pocos días, Nanoka pasa por delante del trabajo de Koshiro, una empresa de arreglos matrimoniales, y él decide darle dos tickets para el parque de atracciones, pero en lugar de aceptarlos, ella le pide que le acompañe. Mientras se montan en la noria, Nanoka le cuenta el motivo por el cual estaba llorando en el tren. Resulta que el chico que le gustaba la había rechazado, de modo que Koshiro le cuenta su reciente ruptura y acaba llorando mientras ella le reconforta. Al salir del parque de atracciones, cuando ambos comienzan a darse cuenta de los sentimientos que van surgiendo a raíz de su encuentro, se cruzan con su padre, descubriendo que son hermanos. Nanoka acaba de trasladarse a la casa de su padre debido a que está cercana a su colegio, pero al no aparecer por casa la noche anterior Koshiro, no se entera de su llegada. Ambos llevaban 13 años sin verse ni saber qué aspecto tenía el otro. Koshiro empieza a sentirse culpable por la atracción que siente hacia Nanoha a medida que empieza a convivir con ella, hasta el punto de que decide vivir por su cuenta, solución que dura poco ya que ella empieza a visitarle y a cocinar para él.

Arumi y Sasshi viven su último verano juntos en el distrito comercial Abenobashi, ya que la familia de Arumi se trasladará a otra ciudad. Sin embargo su abuelo sufre un accidente a raíz del cual tanto Arumi como Sasshi son transportados a un Abenobashi alternativo donde todo es posible y lo absurdo y la parodia están a la orden del día. ¿Podrán volver sanos y salvos a su hogar?

La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ry?, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba, donde 3 hermanas lo habian adoptado como hermano menor. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ry?, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia.