La historia se desarrollará en Endra, un mundo desconocido bajo la superficie de la Tierra. Es un mundo completamente diferente en el que la gigante Adamas brilla en lo alto. Shun Asanaga es un estudiante de secundaria corriente de quince años, pero muy positivo, y que vive en la “Tierra de arriba”. Ha descubierto un misterioso cristal en la compañía de investigación científicia de su padre, y cuando lo toca, se transporta a Endra. Allí conoce al príncipe Emirio, que odia al Rey Deurzai y acaba de cumplir los 16 años. Tiene edad para ascender al trono y blande un arma para poder buscar venganza, pero la diferencia de fuerza entre él y el rey al que odia, es insuperable para él. Capturado y hecho prisionero por Deruzain, Emirio ha perdido la esperanza. En ese momento, los muros de la prisión se distorsiona y Shun aparece entre ellos. Dos jóvenes que viven en Endra: uno que quiere volver a su antiguo mundo y uno que busca venganza.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.