Kuroki Tomoko es una chica de secundaria muy popular, ademas ha tenido 50 años de experiencia en citas con alrededor de 100 chicos... bueno, eso solo en un mundo virtual llamado Otome. En la vida real, ella es una chica de 15 años que tiene todas las cualidades de una "mojo" (una mujer sombria o impopular). Sin embargo, cuando la escuela no está saliendo como ella esperaba, y no es tan popular como ella pensaba que era, se echa un vistazo a sí misma en el espejo por primera vez en unos cuantos años y tiene algunas revelaciones impactantes...

La historia base se centra en cuatro chicas que asisten a su primer año de preparatoria, en donde tenemos a Yui Hirasawa y su impaciencia en la búsqueda de un club del cual participar. Por otro lado tenemos a Ritsu Tainaka (baterista) quien le propone a su mejor amiga Mío Akiyama (bajista), inscribirse juntas en el club de música ligera del instituto, pero desafortunadamente se enteran que está próximo a ser cerrado debido a que todos sus miembros se habían terminado de graduar el año anterior. Debido a que el mínimo permitido para aprobar un club es de 4 integrantes, Ritsu y Mío tratan desesperadamente de conseguir que el club no sea cerrado, por lo que en el intertanto lograrán reclutar a Tsumugi Kotobuki quien les indica que solo sabe tocar Teclado. Esto significa que solo hace falta un miembro más para tener nuevamente el club en funcionamiento y es aquí donde luego de una larga espera Yui se decide finalmente por un club, precisamente el de música ligera y con esto salvándolo de la extinción. Desafortunadamente el club requiere de la pieza clave de toda banda musical: el guitarrista, y Yui no tiene experiencia alguna con ningún instrumento.

Un fenómeno social está ocurriendo en Tokyo, que es causado por un asesino serial juvenil a quien llaman "El chico del bate".Él golpea a la gente para poder "ayudarlos", siempre es gente con problemas a la que no le gusta su vida y al final esta gente termina muriendo a causa del chico del bate. La historia gira principalmente alrededor de los detectives que están tras de él y sus víctimas, contando sus vidas privadas y como terminan siendo "salvados" por el chico del bate.

A principios del siglo XXI en Japón; un Tokio aparentemente pacífico, es atacado de repente por invasores. El joven Ayato Kamina tiene una habilidad para controlar un robot poderoso, y este realiza un viaje interior para encontrar un lugar en el mundo que le rodea mientras este es acechado por una mujer misteriosa.

Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)

El final original de Neon Genesis Evangelion mostrado en los dos últimos capítulos de la serie de TV fue criticado unánimemente debido a la enorme cantidad de preguntas que dejó sin resolver. Sin más remedio, GAINAX decidió rehacer el final lanzando la película The End of Evangelion (El Final de Evangelion), que sustituye a los dos últimos episodios de la serie de TV. The End of Evangelion nos narra los acontecimientos ocurridos tras la muerte del último Ángel, revelándose un plan orquestado desde las sombras para forzar la evolución de la Humanidad, con un carácter cada vez más apocalíptico y oscuro mientras avanza la película, resolviendo las dudas dejadas de lado en el final original.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.