Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.

La película termina cuando Saya ya convertida en una humana completa, camina en una carretera y alli se ve su ojo derecho como parte Furukimono, debido como parte del acuerdo por cumplir su deseo solo su ojo derecho es lo unico que le queda de parte Furukimono, Saya empieza a recordar a sus amistades que tuvo y que se perdieron durante la batalla contra Fumito y su legion de "Los Antiguos". Mas tarde un e-mail anonimo enviado al una central de periodicos por Hiro, abren la informacion sobre los propositos y los involucrados en donde ellos estan Fumito y Yuuka Amino.