Este anime de “batallas de hermosas chicas” tiene lugar en una serie de cinco islas artificiales. Mamori es una “sirena” transferida a una de estas islas. Cuando es atacada, una chica llamada Mirei acude en su ayuda. Sin embargo, el enemigo no deja de atacarlas y pronto ambas se ven acorraladas. Y justo cuando piensan que no hay esperanza, Mirei besa a Mamori y ésta se convierte en una espada. Empuñándola, Mirei contraataca a los enemigos…
La historia sigue la vida de Taihei y su hermana menor Umaru, quien es bastante bella y le va bien tanto en el apartado académico como en los deportes. Pero este aparente perfecto personaje tiene un secreto.
Fumi y Akira eran íntimas amigas de infancia hasta que Fumi tuvo que trasladarse. Tras diez años sin tener contacto una con otra, ambas se reencuentran como estudiantes de primer año de escuela superior. Las dos se resisten a reconectar después de tantos cambios, y ambas se encargan de las tribulaciones de la escuela superior a veces de forma independiente y otras ayudándose la una a la otra
La historia de Strawberry Panic se centra en un mundo de mujeres, Astraea Hill. Aoi Nagisa ha sido trasladada a St. Miator's Girls' Academy, una escuela que comparte el campus y los dormitorios con otras dos academias: St. Spica's Girls' Institute y St. Lulim's Girls' School. Al llegar, se da cuenta de lo fascinante que es su nueva escuela y de inmediato se siente atraida por la seducción de la Etoile de Astraea Hill (Shizuma Hanazono). Conforme se desarrolla la historia, Nagisa descubre más sobre el colegio, sus compañeras y la triste historia que esconde Shizuma tras su amable y conquistadora sonrisa.
Ritsuka es un chico (12 años) que no cree en la buena fe ni la amistad sincera de las personas, sufrió la perdida de la persona mas querida en su vida y sufre el maltrato de su madre. Soubi es un joven de 21 años,estudiante de dibujo que conoció al hermano de ritsuka y ahora se presenta ante el prometiéndole entregarle su cuerpo y hasta su vida, además de decirle que peleara por el robándole su primer beso.Asi comenzaran a aparecer enemigo contra los que Soubi y Ritsuka tendrán que combatir