Ha pasado un siglo desde que la magia, magia real, verdadera, material de leyendas; ha vuelto al mundo. Es primavera, la temporada de nuevos comienzos, y una nueva clase de estudiantes está a punto de comenzar sus estudios en la Primera Preparatoria de la Academia Nacional de Magia, apodada también como la Primera Preparatoria Mágica.
Karen y Hikari se prometieron cuando eran pequeñas que un día compartirían un escenario. Sin embargo, tuvieron que separarse. Ahora que ha pasado el tiempo y han cumplido dieciséis años, los hilos del destino harán que sus caminos vuelvan a cruzarse y entren en el misterioso casting de Starlight, una compañía de teatro especializada en el baile y canto que viaja alrededor de todo el mundo, para dar juntas el salto a la fama.
Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.
La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.
Un juegos ocial llamado The Magical Girl Raising Project otorga en este mundo la posibilidad de ser "una chica mágica" a una persona entre miles, lo que le proporciona capacidades físicas extraordinarias y poderes mágicos. Pero un día, en un distrito en el que hay 16 chicas mágicas, la administración anuncia que el número de estas debe reducirse a la mitad porque fallan los servidores de energía mágica. Al inicio las chicas mágicas han de competir por ver quién consigue más “"caramelos mágicos", pero las normas no tardan en cambiar y se convierte en una batalla de supervivencia en la que se asesinan unas a otras.
La historia gira en torno a Lux, el ya-no-príncipe de un imperio llamado Arcadia que fue derrocado por una rebelión cinco años antes. Accidentalmente Lux se mete en la zona de baños de un dormitorio femenino, ve a la nueva princesa del imperio desnuda, y desata su ira. La muchacha, llamada Lisesharte, reta a Lux a un duelo con Drag-Ride, unas antiguas armas mecánicas blindadas que se han rescatado desde las ruinas de lugares de todo el mundo. Lux solía ser conocido como el Drag-Knight más fuerte, aunque ahora es el “invicto más débil” porque nunca atacaría en la batalla. Después del duelo con Lisesharte, Lux termina asistiendo a una academia femenina que entrena a miembros de la realeza para ser Drag-Knights.
Una chica, por alguna extraña razón fue condenada a morir sola, en una habitación de la academia para enseñanzas sinceras. Sin embargo ella no recuerda nada de su pasado, Misteriosamente, hay una persona que puede verla en forma de fantasma: Niiya Teiichi, un estudiante de primer año. Ahora los dos tratan de averiguar el porque detrás de su muerte, y lo que pudo haberla causado.......
La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.
La historia se centra en torno a un chico llamado Akihisa Yoshii, también conocido como el tonto. Él asiste a la Academia Fumizuki , una escuela donde el personal divide rígidamente a los estudiantes según los resultados de sus pruebas. En este caso, la clase A se llena de estudiantes con las más altas calificaciones, por lo que su clase está llena de lujos, mientras que el estado de la clase F es el contrario, dejando mucho que desear. Esta academia tiene algo especial, donde todos los estudiantes (con permiso de los profesores) logran invocar seres (Sh?kanj?). Estos seres, cuyos puntos de fuerza son medidos por las calificaciones ?que sus convocadores obtuvieron en sus exámenes? se utilizan para las batallas entre las clases. La clase A está llena de seres fuertes, mientras que la clase F tiene bestias drásticamente débiles en comparación. En el día de la prueba de nivel, una chica inteligente llamada Mizuki Himeji sufre de una fiebre y no puede completar su prueba. Como resultado, ella es enviada a la Clase F, junto con Akihisa Yoshii. Akihisa, que se preocupa por su salud, declara un EIB (Examen de Invocacion en Batalla) a la clase A para obtener más privilegios para su clase. Además de Mizuki (que pasa a ser el segundo lugar de estudiantes en todo el año), también asisten a la clase F el mejor amigo de Yoshii, Y?ji Sakamoto, el bish?nen Kinoshita Hideyoshi, el pervertido Kouta Tsuchiya, y la chica marimacha Minami Shimada (quien Akihisa reivindica como su peor enemigo ).
