En la Francia del siglo XV, durante la Guerra de los Cien Años contra Inglaterra, Montmorency, el hijo de un noble, se sumerge en el estudio de la magia y la alquimia en una escuela para caballeros. Sin embargo, tras la derrota de Francia en Agincourt, la escuela cierra y el joven se ve obligado a escapar. En su huida conoce a una chica llamada Jeanne, que vive en una aldea y tiene un aura milagrosa.
Tsubame Kamoi es una antiguo miembro de las Fuerzas de Autodefensa de Japón que solo ha conocido la instrucción militar. Ahora está desempleada, y encontrar un trabajo que vaya con sus habilidades no es algo precisamente fácil, en especial cuando quiere que en él haya alguna niña pequeña inocente y pura a la que vestir a su gusto y placer. Es su obsesión. Tras mucho buscar aparece su oportunidad: ser criada en una casa donde hay una niña que cumple con sus gustos, pero la niña la odia y quiere echarla.
Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
Senran Kagura es una historia de valentía y amor sobre cinco niñas de la Academia Nacional de Hanzo que se entrenan para convertirse en "buen ninja" y luchan por el bien del país en contra de los "malo ninja" que son contratados por las empresas y los políticos corruptos. Todas las chicas están equipadas con la edición ninja estándar.