Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
La historia comienza cuando la reservada Shizuka asiste a una fiesta mixta local, pero tiene problemas para adaptarse a la atmósfera. Una hermosa estudiante universitaria llamada Ryou empieza a hablar con ella, y se caen bien. Shizuka va a pasar la noche en casa de Ryou. Sin embargo, Ryou besa inesperadamente a Shizuka. Shizuka piensa que la bella mujer es lesbiana, pero pronto descubre que Ryou es en realidad un hombre vestido de mujer.
Es el año 2205, en donde los historiadores alternos están atacando el pasado para cambiar la historia. El sabio Saniwa tiene la misión de proteger la historia, y para esto ha juntado a los tipos de Tsukumogami más fuertes (objetos inanimados habitados por espíritus) llamados Touken Danshi (Guerreros espadachines).
En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo. En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas. En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki. Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.
Estamos en el sexto año de la era Kan'ei (1629), al inicio del período Edo. La historia toma lugar dentro del castillo de Suruga. El primer duelo del torneo, en el cual en reveldía a las leyes existentes, se permite el uso de espadas reales, reune por última vez a dos espadachines cuyo pasado entrelazado, es tan hermoso y horrible como las heridad que llevan en sus cuerpos. Un excepcional artista de manga decide abordar el trabajo prohibido de la última y enorme figura de la literatura samurai, sólo al darle vida a un drama del período, lleno de tragedia intransmisible y crueldad