La historia de esta comedia romántica comienza cuando Gris, una ángel quien posee un misterioso objeto con el cual puede convertir a dos personas que se besen en una pareja sin importar las circunstancias, aparece frente a Seiji Aino, un joven estudiante común. Accidentalmente, Gris utiliza su misterioso objeto en el, por lo que se verá obligada a convencer a Seiji de besar a Akane Hiyama, la chica más popular de su escuela y por la quien el se siente enamorado, ya que de lo contrario ella morirá. Sin embargo, la verdadera personalidad de Akane resultará ser un tanto distinta a lo que el se podría haber imaginado.

La historia se desarrolla en un mundo el cual fue destruido y más tarde reconstruido utilizando mecanismos de relojería. Un día, fuera de la casa de un joven de instituto de nombre Naoto Miura, cae de repente una extraña caja, en cuyo interior se encuentra una chica autómata. Un interminable ciclo de fracaso y éxito. Un mundo variable y una humanidad invariable. Momentos en que la realidad y la fantasía gritan, ¡el encuentro entre ellos dos provocará que los engranajes del destino comiencen a moverse!

La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.

La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.

La historia toma lugar un otoño al comienzo del siglo XXI en el lugar de Uchihama. La Academia Uchihama crece a pasos agigantados. Con la construcción de un nuevo edificio, habrá un último Festival General de Clubes en el antiguo edificio que será cerrado. Los estudiantes prometen dar todo para que este último festival sea un éxito. El Club de Astronomía del protagonista Sou Akiyama está lleno con los grandes nombres que hay por el campus. Justo antes del festival el 1 de octubre, el club recibe una petición del comité ejecutivo de estudiantes para calmar la inquietud que hay entre los estudiantes. Hay reportes de avistamiento de fantasmas, accidentes, enfermedad del sueño, y uno que otro misterioso incidente en el antiguo edificio. Cuando Yui Furukawa, una tranquila chica que se transfirió tardíamente a la escuela, aparece ante Sou, los engranajes del destino comienzan lentamente a moverse.

La historia de fantasía y ciencia ficción comienza con Rinka, una chica de instituto extremadamente pobre que vive a solas con su padre en Tokio. Un día, volviendo a casa desde clase se encuentra con un extraño pingüino volador al que sigue hasta lo más alto de la Nueva Torre de Tokio, donde de repente aparecen peces volando en el aire. Uno de los peces atraviesa a Rinka y le otorga poderes extraordinarios, más concretamente, la habilidad de atravesar cualquier objeto sólido.

Para evitar la destrucción de la Tierra amenazada por un asteroide, la ISDA (International Solarsystem Development Agency) encuentra un huevo de Dragon bajo el oceano, lo cual es utilisado para dar comienso al "proyecto D" y crea al "Dragonaut" Sin embargo, descubren que los asteroides no son su única amenza, sino unas criaturas poderosas cuando un dragón aparecen en la Tierra. Abiendo perdido a su familia en un terrible accidente Jin Kamishina siendo el unico sobreviviente se convierte en un piloto de uno de los mas poderosos "Dragonaut" Toa una chica misteriosa es el objetivo de la ISDA sin embargo es protegina por Jin Kamishida. Cuanto más profundo se vayan adentrando en el misterio de los dragones, se encontrarán con nuevos amigos y enemigos, y también comenzarán a desarrollar una relación más cercana