La historia gira en torno al día a día de Itsuki, un novelista y “el Pygmalion de esta época” que trabaja día tras día para crear la “Imouto definitiva”. El chico está acompañado de varios personajes: Una bella e ingeniosa escritora que está enamorada de él, una compañera de la universidad que es como su hermana mayor, un compañero escritor, un contador fiscal sádico y su editor. Y luego está Chihiro, el perfecto hermanastro menor de Itsuki, que se encarga de cuidar de todos ellos mientras guarda un serio secreto…

En un futuro lejano, ha nacido una nueva forma de vida bautizada como ‘houseki’ (“gemas”). Las 28 houseki, con diferentes cometidos como guerrero o médico, deben luchar contra los ‘tsukijin’ (“gente de la Luna”), que tienen como objetivo convertirlas en objetos decorativos. A pesar de su deseo de combatir a los tsukijin, Phos es una houseki sin ocupación hasta que Kongo, el jefe de las muchachas, le encarga editar una revista sobre historia natural.

La gran y prospera Russell City se enfrenta a una amenaza, un hombre llamado Sword es uno de los primeros en descubrirlo y se lanza a una lucha para exponer la verdad; con la palabra clave "El Dorado" en común, él y Sophie, una muchacha que busca a su hermano perdido, se lanzan a una aventura juntos para descubrir el verdadero significado de la misteriosa frase.

El narrador y protagonista de la historia, a quien las personas lo llaman con distintos sobrenombres como “Ii-chan”, “Ii-kun” e “Ii-tan”, pero cuyo verdadero nombre se desconoce, se ve arrastrado hacia el centro de todo, encontrándose con diferentes asesinatos y misterios a pesar de su afán de mantenerse al margen de la historia. A pesar de que parece que dicho protagonista contribuye mucho, al final termina enterándose que cualquier cosa que haya hecho resultó siendo inútil.

Versión TV de Ghost in the Shell: Arise

Ghost in the shell ARISE es la precuela de la serie original (manga). La historia se sitúa en el año 2027, justo un año después de la Cuarta Guerra Mundial. Enmarcado dentro de un ambiente futurista, los seres humanos han sido capaces de incorporar implantes cibernéticos en su cuerpo y con esto logran aumentar sus capacidades naturales. La cibernetización y los robots son algo común y muy habitual en este ámbito netamente cyber-punk. La Mayor Motoko Kusanagi, se verá involucrada en una investigación criminal cibernética.

La serie tiene lugar en el Japón del año 2029, tras el alza de este país como imperio económico debido al "milagro japonés" (reciclaje de residuos nucleares). La historia gira en torno a la organización de fuerzas especiales Sección 9, y en particular en torno a su segunda de abordo tras Daisuke Aramaki, la Mayor Motoko Kusanagi.