Año 2030: Japón. Un virus ha infectado a los humanos en todo el mundo. Los infectados se convierten en monstruos de acuerdo con sus edades, sexos y razas. El virus fue llamado “Gibia”. Justo entonces, un samurái y un ninja aparecen en este Japón desolado. Ambos viajaron desde el antiguo periodo Edo, y lucharán en conjunto para ayudar a un doctor a encontrar la cura contra la Gibia. Enfrentándose a múltiples e incesantes monstruos productos del Gibia y contra varios sobrevivientes que buscan alimento, comenzarán el peligroso viaje para resolver este conflicto mundial.

Han pasado miles de años y la humanidad ha viajado hasta el espacio. Los humanos están divididos bajo dos grupos con dos distintas formas de gobierno: por un lado está la autocracia del Imperio Galáctico, y por otro la democracia de la Alianza de Planetas Libres. Ambas facciones llevan ya 150 años de guerra, lo que ha convertido a la galaxia en el escenario de un sinfín de conflictos.

La historia de la serie se desarrolla en una institución de investigación robótica situada cerca de la famosa Represa de Kurobe de la Prefectura de Toyama en verano de 2016. Durante la construcción original de la presa se descubrió un antiguo artefacto, con lo que se creó el Instituto de Investigación de Kurobe de las Naciones Unidas para su estudio. Intelectuales de todo el mundo se reunieron en el lugar para estudiar el objeto, y los hijos de esos intelectuales dan clases en un instituto especial en el Monte Tate, incluyendo la hija del director del instituto. La historia dará comienzo cuando cierto samurái solitario despierte de nuevo.

En el año 2071, los problemas energéticos parecen haberse resuelto gracias a una red interdimensional de inductores -las “bobinas”- que extraen energía de una fuente aparentemente infinita. Esta fuente es la Dimension W, un cuarto plano que existe más allá de las dimensiones X, Y y Z. En este mundo, bobinas “ilegales” ofrecen poderes que la policía quiere contrarrestar. Enfrentarse a estas bobinas es el trabajo del anti-bobinas Kyouma, cuyo encuentro con la bobina android Mira lleva a ambos a formar una asociación reacia.

En un futuro distante, donde los cyborgs y humanos pelean por sobrevivir luego de una guerra que destruyó al mundo, un ser despierta. Su nombre es Casshern y ha perdido todos sus recuerdos respecto a su pasado. Dentro de un mundo oscuro y destruido, donde todo ser vivo parece odiar su existencia, Casshern, quien es perseguido por flashs de su pasado y varios tipos de criaturas, deberá sobrevivir para poder descubrir quien es el realmente y como llegó a su actual situación. Aunque el no sabe realmente si será bueno recordar todo aquello que se mantiene oculto..