La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.

En el futuro, Utopia por fin se ha logrado gracias a la nanotecnología medica y a la poderosa ética del bienestar social y la consideración mutua. Este mundo no es tan perfecto, sin embargo, tres chicas se resisten a la bondad totalitaria y a las super medicinas mediante el suicidio por inanición. Esto no funciona, pero una de las chicas, Tuan Kirie, crece para convertirse en miembro de la Organización Mundial de la Salud. Como la crisis amenaza la armonía del nuevo mundo, Tuan redescubre a otro miembro de su pacto suicida, y juntas se debe ayudarse para salvar al planeta de sí mismo.

La historia de este anime comienza cuando el consejero del rey inicia una cacería de brujas, lo que pone en peligro a los Caballeros Makai y a los Sacerdotes Makai, quienes deben proteger a la gente. Una Sacerdotisa Makai que ha sido condenada a morir en la hoguera, da a luz a un niño, Leon Lewis. El chico es rescatado por su padre, un Caballero Makai, pero nunca conoce a su madre. Cuando él crece, hereda la Armadura Dorada como descendiente de los Caballeros Dorados. Mientras tanto, el consejero del rey se apodera del país ya que el rey ha enfermado, y el Príncipe Alfonso ha sido exiliado junto a su madre. Él va en busca del legendario Caballero Dorado con la esperanza de recuperar su reino.

Cada persona tiene su pequeño mundo, y la clase 2-1, con treinta y cuatro estudiantes, está llena de mundos. El mundo de Akio Honjô gira en torno a las conversaciones que tiene con sus amigos sobre las series de animación que salen en la televisión. Es un mundo divertido y apacible, pero Akio se pregunta a veces cómo será el mundo de Juri Makina, quien se sienta en la otra punta de su clase.

La historia gira en torno a Fushimi Inari, quien está enamorada de su compañero de clase Tanbabashi, pero no puede expresarle sus sentimientos. Un día, mientras trataba de hablar con él, accidentalmente lo termina humillando delante de toda la clase. Este se niega a aceptar sus disculpas, y, para empeorar las cosas, ella descubre que él probablemente está enamorado de su compañera de clase Sumizome. Tras el incidente, una diosa zorro, de nombre Ukanomitama-no-kami, la convoca para pedirle ayuda y rescate a un pequeño espíritu zorro. La diosa se lo agradecerá dándole la habilidad de poder cambiar de forma, con lo que Inare espera aprovecharse para hacerse pasar por su compañera Sumizome, y así tratar de ganarse el corazón de Tanbabashi. Pero el uso continuo de este nuevo poder hará enfurecer a la propia diosa Amaterasu.

Atroces crímenes ocurren en Edo, a causa de híbridos de perro y humanos, llamados Fuse. Una chica llamada Hamaji inicia una cacería de esos seres junto a su hermano. Un hijo de Takizawa Bakin sigue sus pasos y se muestra sospechoso. Un día, Hamaji persigue a un Fuse por un paso subterráneo y el híbrido le contará una triste historia.