La historia del primer juego nos ponía en la piel de una familia que se encuentra un día en un bosque cercano a su pueblo a un hombre gravemente herido y con amnesia, por lo que deciden llevarlo a su casa y tratarlo allí. Sin recuerdos y sin poder quitarse la máscara que lleva, dicho hombre decide llevar una vida pacífica en el pueblo en el que ha sido acogido. Sin embargo, poco después descubre que la gente del pueblo se encuentra bajo la opresión del emperador, lo que le llevará a dirigir una rebelión contra el mismo.

Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

Utawarerumono es una historia post-apocalíptica centrada en un protagonista enmascarado, Hakuoro, que es encontrado por una familia de dos muchachas y una abuela en un bosque cerca de su pueblo. Al recuperarse, y ser interrogado, se descubre que tiene amnesia, desconociendo todo su pasado, incluyendo su nombre - siendo Hakuoro el nombre dado por la familia que lo acogió. Hakuoro pronto es aceptado en la aldea, pero después de poco tiempo encuentra que la vida en esta aldea está siendo oprimida por el emperador. Luego de armar de valor a toda la aldea, Hakuoro se enfrentará al poder del gobierno.

Esta es la historia de Cless, Mint y Chester, cuyo mundo se encuentra en peligro debido a la resurrección de Dhaos, el dios del mal. Los protagonistas lucharán en una batalla junto a Arche y Klarth (procedentes del pasado y poseedores de la extinguida magia en la línea temporal de Cless y el resto) y Suzu (una ninja del futuro que busca venganza contra Dhaos). Juntos comenzarán un viaje para conocer los motivos y perversas intenciones de Dhaos para poder acabar con él de una vez por todas.