Full Metal Panic! sigue las andanzas de Sousuke Sagara, un miembro de una organización anti-terrorista privada conocida como Mithril, al que se le encarga la tarea de proteger a Kaname Chidori, una estudiante de instituto japonesa con una personalidad bastante difícil.
Los Butlers son guardianes que tienen una historia de mil años y un destino determinado. Jay tenía una vida tranquila junto a su hermana pequeña Tenna y un compañero Butler llamado Hayakawa. Sin embargo, esos días pacíficos llegaron a su fin repentinamente. Tenna fue tragada al vacío y Jay fue enviado cien años hacia el futuro, donde descubre que el lugar donde estaba su mansión ahora se encuentra la Academia Koyomi. Jay toma el nombre de Jinguji Koma y se convierte en el presidente del consejo estudiantil de la escuela mientras busca pistas sobre su pasado para así recuperar su vida anterior. Descubre los secretos detrás de una línea de sangre con más de mil años y su destino...
Saichi Sugimoto es un duro soldado que participa en la guerra ruso-japonesa y que se ganó el apodo de "Sugimoto el Inmortal". Los honores en combate de poco le sirven cuando es expulsado del ejército por cierto incidente, pero tiene un objetivo que cumplir, una promesa que mantener, y para ello necesitará dinero. Su primera idea para conseguirlo será unirse a la reciente fiebre del oro de Hokkaido y probar suerte, pero el destino le preparaba un reto más interesante y a la par, más rentable.
JD (Junk Dog) participa en combates cerrados de boxeo en un ring subterráneo para sobrevivir. Hoy, entra en el ring de nuevo, pero se encuentra con cierta persona. JD quiere aceptar el reto con el que lo arriesgará todo.
