Gojo es un estudiante de preparatoria/instituto que quiere convertirse en kashiragi, un maestro del tradicional arte de crear muñecas Hina. Aunque adora ese arte, no sabe nada de las últimas tendencias y eso hace que le cueste encajar con sus compañeros de clase. Los más populares de la clase, en especial una chica llamada Marin Kitagawa, parecen creer que él vive en un mundo aparte. Todo esto cambia por completo un día cuando Marin comparte un secreto inesperado con él y hace que sus dos mundos coincidan.

Invertia, la catástrife astral que aniquiló muchas ciudades en el siglo XX, supuso también el nacimiento de una nueva raza de humanos con habilidades especiales: los Genestella. Al mismo tiempo, se encontró un elemento especial en el interior del meteoro, "maná", que ayudó a que la humanidad diera un salto tecnológico. En Rikka, la ciudad académica sobre el agua, el "Asterisk" como muchos la llaman, estudiantes de seis escuelas se preparan para un torneo que se celebra anualmente y que enfrenta a los mejores estudiantes. Ayato Amagiri, de la Academia Seidoukan, se enfrentará al reto acompañado de Julis, la Bruja de las Llamas Resplandecientes.

La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.