Japón, siglo XIX. Yukimura Chizuru es una joven que viaja desde Edo a Kioto con la esperanza de encontrar a su padre que lleva desaparecido bastantes meses. Para ello se viste de chico para pasar desapercibida y viajar con más seguridad. Pero su primer día en Kioto, donde llega con la esperanza de encontrar a su padre, pasa por ser todo menos tranquilo... Es testigo de una pelea entre unos rounins y el Shinsengumi. Termina siendo detenida por los Shinsengumi y conducida al cuartel, donde es interrogada no sólo por lo que ha visto sino por el paradero de su padre, al que también ellos buscan desesperadamente. De esta forma, se ve abocada a integrarse dentro del cuartel con la esperanza de, antes o después con ayuda de este grupo, poder encontrar a su padre. Paralelamente, se producen una serie de hechos extraños relacionados con su padre y con una pócima que enloquece a los que la toman convirtiéndoles aparentemente en demonios.

Su historia sucede 150 años después de que la humanidad haya perdido la mitad del planeta a causa de una misteriosa niebla negra. Para contener dicha niebla, los seres humanos se vieron en la necesidad de construir un muro de 3.000 metros de alto que divide la Tierra en dos. Los supervivientes, la mitad de la población del planeta, deben confinarse en unas ciudades conocidas como ‘las arcas’. En la novena arca, Enishi Shidô gestiona una agencia de detectives para descubrir toda una conspiración relacionada como el síndrome de Rivigarudo, que convierte en mutantes a sus víctimas.

Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios...

En un mundo donde la magia se ha vuelto objeto de estudio científico, ésta se ha implementado en la vida cotidiana y se usa para todo tipo de tareas. Desde la construcción hasta la medicina, pasando por el comercio y la milicia, la magia es ya parte de la sociedad y su funcionamiento, otorga grandes avances en el progreso de la humanidad y su bienestar.

La historia trata de un periodista llamado Hayato Mikogami que regresa a su ciudad natal a Otomo para investigar los rumores de extraños asesinatos realizada por un hombre que lleva una máscara de cráneo (Skull Man).

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

Eikichi Onizuka, 22 años, soltero" esta es la forma en que este peculiar personaje se presenta; con su gran sueño de ser profesor Onizuka se enfrenta a una serie de problemas, creados por quienes podrían ser los alumnos mas problemáticos para un profesor. Estudiantes que crean a la vez un sinfín de divertidas situaciones