Todo comienza un año después de la victoria contra Bagramon en el equipo de Basketball "Xros Heart", un joven llamado Akashi Tagiru busca superar a su maestro Kudo Taiki y su compañero Amano Yuu. Cosas extrañas empiezan a ocurrir en el mundo humano y Tagiru escucha una extraña voz pidiendo ayuda. Tagiru es trasportado por un "Digi-Quartz" a un mundo paralelo y ahi conoce a Gumdramon quien pedia ayuda y a tres chicos Mogami Ryouma, Tobari Ren y Suzaki Airu quienes se hacen llamar "Digimon Hunters" Tagiru decide convertirce en un Digimon Hunter y un misterioso señor llamado Watchman le da un "Xros Loader", asi junto a Taiki y Yuu comienzan su nueva aventura.
Taiki Kudou es un estudiante de septimo grado prodigio, q siempre lo gana todo. Un dia el escucha una voz misteriosa que le pide ayuda y empiezan a ocurrir sucesos extraños en ese momento, al encontrar al que le pide ayuda, Shoutmon un Digimon Melodia, se le aparece en frente de el "LoaderXross" (digivice de esta temporada) y lo elige para poder salvar el digimundo. Fue así que Taiki junto a sus amigos Akari Hinomoto y su rival Zenjirou Tsurugi se lanzan a un universo paralelo, el mundo digital (Digimundo) para asi poder ayudar a Shoutmon y a sus amigos Digimon para poder formar un ejercito para la guerra "Xross Wars" y asi salvar al digimundo de las nuevas fuerzas del mal que lo amenazan...
Masaru Daimon, un chico de 17 años con bastante temperamento, se encuentra inesperadamente con Agumon, un digimon que había escapado de la organización gubernamental secreta DATS. Estos se retan a una pelea, llegando a un empate, por lo que terminan aceptándose el uno al otro, haciéndose amigos. Es cuando comienzan a aparecer digimons en la ciudad, causando estragos. Tras vencer Masaru a Kokatorimon, él y su reciente amigo Agumon, son detenidos y llevados al cuartel de DATS. Esta organización tiene como misión principal la de bloquear la acción de cualquier digimon que aparezca en el mundo real de la manera más silenciosa, llevándolos de vuelta al mundo digital de donde provienen y borrando las memorias de los ciudadanos que han llegado a ver a uno de estos seres. Por tanto, la existencia de los digimon sólo es conocida por los miembros de DATS, de la que Masaru termina formando parte.
Es la secuela de Digimon Adventure, han pasado tres años desde que volvieron desde el digiworld cuando T.K. y Kari son llevados de vuelta junto a otros tres nuevos niños elegidos, que consiguen sus digimon cada uno. Despues, consiguen los llamados digieggs que les permite digievoluciones especiales y se enfrentan al emperador un niño elegido que intenta apoderarse de todo el digimundo.