Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
Bajo el cerezo en flor en la ceremonia de entrada de la Preparatoria Sakuragaoka, Miou Aida se encuentra con Haruki Serizawa por primera vez. "Me llamo Miou, y mi nombre significa 'el lindo cerezo en flor'". "Yo soy Haruki. Significa 'primavera brillante'". Con el inicio de la primavera, ambos sienten cómo se forma un vínculo inexplicable entre ellos. Desde entonces, sus miradas siempre se buscan mutuamente. Miou, que pertenece al club de arte, es una persona reservada, mientras que Haruki, quien forma parte del club de cine, es una persona mucho más activa y social. Pese a sus diferencias en las personalidades, ambos regresan juntos a casa cada día. Son muchos los que los toman por pareja, pero aunque su relación va más allá que la de unos simples amigos, todavía no se declararon su amor. Pero sus sentimientos van creciendo cada día que pasa... Un día Miou no lo aguanta más y de camino a casa pregunta: "Haruki... ¿te gusta alguien?". La respuesta de Haruki es ambigua: "Me gusta alguien... ¿y a ti?". Sus manos están separadas por apenas 10 centímetros, pero esa distancia será difícil de superar.
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
El profesor de matemáticas Kouhei Inuzuka, que ha perdido a su mujer, está haciendo todo lo que puede para criar a su hija Tsumugi como padre soltero. Es bastante malo cocinando y no tiene mucho apetito, pero una serie de circunstancias une a su pequeña familia y a una de sus estudiantes, Kotori Iida, en una serie de aventuras caseras.
La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
