La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.

En un futuro lejano, en un planeta que una vez fue llamado Tierra, los campesinos del pueblo de Kanna sufren continuamente los ataques de los Nobuseri, samuráis arruinados por la ausencia de guerras en las que lucharon, por lo que para sobrevivir se dedican a robar la comida y las mujeres de los pequeños e indefensos pueblos. Un año antes de la época de cosecha, Gisaku, el jefe de uno de estos pueblos, propone contratar a unos samuráis para que les protejan de la amenaza de los Nobuseri. Kirara y Komachi, dos hermanas sacerdotisas, acompañadas por Riki, se ofrecen voluntarias para ir a la ciudad y buscar a los samuráis que les puedan defender

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.