La historia del manga se desarrolla en una época en la que los “ajin”, informalmente denominados “demi”, han comenzado a ser aceptados en la sociedad humana. Nuestro protagonista es Tetsuo Takahashi, un profesor de Biología que debe dar clases a tres demi con la esperanza de llegar a comprenderlos mejor.

La Historia se centra en un estudiante de instituto llamado Takumi Nishijō, quien se ve envuelto en una sangrienta escena de un crimen de camino a casa, desde ese momento más eventos misteriosos comienzan a ocurrir, como otros asesinatos igual de sangrientos. Takumi comienza ha hacer frente a la realidad y a los "delirios" que experimenta para evitar ser atrapado por el autor de dichos crimenes.

Dos chicas de la misma edad y mismo nombre se conocieron en el tren para ir a Tokio. Sus nombres son NANA. Una de ellas es una chica que quiere ser famosa con su grupo de música y la otra quiere estar con su novio que vive en Tokio. Después de conocerse ellas deciden vivir juntas en Tokio. Komatsu Nana comienza su nueva vida en Tokio con su novio Shoji, y los amigos de allí, Junko y Kyosuke. Por otro lado, Osaki Nana se prepara para su debut como vocalista de un grupo de punk rock llamado...

El buque de guerra más Tecnológico de Japón, el Mirai, zarpa del puerto de Yokosuka, escoltado por otros tres navíos hacia su primer ejercicio de pruebas con la Marina Estadounidense. De repente, aparece una tormenta en mitad del océano Pacífico que atrapa a los tres barcos y transporta al Mirai al 4 de Junio de 1942 víspera de la batalla de Midway. Ahora su tripulación deberá decidir si deben o no cambiar el curso de la historia involucrándose en la 2ª Guerra Mundial.