La historia ocurre en el invierno de su tercer año en el instituto, cerca del final del segundo semestre, cuando a los estudiantes les queda muy poco tiempo en el instituto. Todo el mundo estaba esperando la graduación, hasta que él volvió de repente. Fue su compañero en secundaria, pero se mudó muy lejos. Ahora ha vuelto en un momento muy peculiar y se han reunido. Parecía una señal que sacudió los sentimientos de los estudiantes que habían pensado que acabarían su vida en el instituto sin fanfarria.

La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.

La historia sigue a un muchacho llamado Houtarou que se une al club de literatura clásica por orden de su hermana mayor, aunque él prefiere no involucrarse en nada. En el club se va acercando poco a poco a la verdad tras cierto incidente relacionado con el tío de una muchacho del mismo y que ocurrió 33 años atrás. Él acabará viéndose arrastrado a resolver el misterio por otra chica.

Es una adaptación de un videojuego, en la cual el protagonista, un estudiante de segundo año llamado Junichi Tachibana, que fue dejado plantado (su cita no apareció) en nochebuena, un hecho que le afecto mucho. La historia se basa en varios arcos argumentales que, en cada uno de ellos, Junichi se enamora de una chica diferente y hace lo imposible para conseguirla, mostrando como quedan al final. Los arcos argumentales están enfocados en la misma época así pues, son como realidades paralelas donde Junichi recupera con una chica el amor y supera el trauma de haber sido rechazado.

Tsukune Aono ha suspendido su examen de acceso al instituto medio, y cuando estaba a punto de resignarse y pasar un año sabático su padre encontró un sospechoso sobre con los papeles para ingresar en la Academia Youkai, un instituto construido en un lugar remoto y apartado de la civilización, que resulta ser un lugar de reunión para jóvenes monstruos que aprenderán a 'coexistir' con los humanos. Durante el camino hacia el instituto conoce a Akashiya Moka, una chica preciosa que tentada por la sangre de Tsukune revela su verdadera identidad... también puedes ver la 2da temporada de Rosario + Vampire