Hashiba Kyouya es un desarrollador de 28 años. Con su empresa quebrada y él, en consecuencia, perdiendo su empleo, regresa a su ciudad natal. Al observar el éxito de los creadores de su época, se arrepiente de las decisiones de su vida mientras yacía angustiado en su cama. Sin embargo, cuando Kyouya se despierta al día siguiente, descubre que ha viajado diez años hacia el pasado, antes de ingresar a la universidad. ¿Podrá finalmente hacer la cosas bien? Esta es una historia sobre una persona que fracasó en sus sueños, pero que ha conseguido una segunda oportunidad.

Occultic;Nine se centra más, como su propio nombre indica, en el mundo de lo oculto y lo paranormal, contándonos las historias de nueve personas a lo largo y ancho del mundo que experimentan este tipo de sucesos.

La historia está protagonizada por Sohei Saikawa, un joven científico que trabaja en un laboratorio. Durante unas vacaciones junto a sus compañeros de trabajo, conoce a Moe Nishinosono, la hija de su mentor. La pareja descubrirá un cadáver, tras lo cual tendrán que trabajar juntos para resolver lo que luego evolucionará en un caso de asesinatos en serie.

La historia transcurre en Tokyo 10 años después de un gran terremoto que hunde el 70% del territorio en el océano. Ganta Igarashi es un sobreviviente de 14 años y no recuerda nada sobre el incidente, vive una vida normal, hasta que un día en clase aparece un extraño sujeto rojo, que asesina a todos sus compañeros dejándolo vivo solo a él!! no sin antes introducir un cristal rojo en su pecho. Despues de ocurrido el crimen, Ganta es culpado por la masacre y sentenciado a cadena perpetua en la prisión llamada Deadman Wonderland. No es una prisión cualquiera, es un macabro lugar donde la principal atracción son los presos, sirviendo a la vez como Staff y Animadores. Debido a la cruel naturaleza del "crimen de Ganta" se suma una condena a muerte, colocandole un collar que inyecta lentamente una dosis de veneno, y para conseguir el antídoto, deberá participar en algunos mortales juegos, ademas debe encontrar al verdadero asesino para probar su inocencia.

Kagami Oori (Ouri), un huérfano, una noche descubre la existencia de los Shikabanes (Cadáveres, pero que tienen un lazo que los une a este mundo) al encontrar a una chica (Hoshino Makina) muerta en un templo, la cual es "resucitada" frente a sus ojos, resultando ser una Shikabane Hime. Su hermano adoptivo, Tagami Keisei, es un sacerdote del culto Kougon, quienes crean a las Shikabane Himes para luchar contra de los Shikabanes. Si una Shikabane Hime elimina a 108 Shikabanes, podrá ir al cielo y descansar en paz... pero ese no es el objetivo de Makina.

Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)