Jigoku Shoujo cuenta la historia de diferentes personas que tienen acceso al Jigoku Tsuushin, una web en la que escriben el nombre de aquellas personas de las que quieren vengarse. Emma Ai, la "chica demonio", se encarga de vengarse de ellas a cambio de una vida eterna en el infierno tras morir.
La historia toma lugar en un mundo donde los humanos se encuentran en una guerra contra un enemigo al que llaman UNKNOWN, y se centra en unos jóvenes que, cuando los UNKOWN comenzaron su invasión, fueron criogenizados por su protección. Cuando estos despertaron, descubrieron que habían adquirido poderes sobrenaturales, y ahora se dedican a defender los últimos bastiones del país , las ciudades de Tokyo, Kanagawa, y Chiba, luchando en batallas contra los UNKNOWN, que aparecen a través de la Tokyo Bay Gate.
En el futuro, Utopia por fin se ha logrado gracias a la nanotecnología medica y a la poderosa ética del bienestar social y la consideración mutua. Este mundo no es tan perfecto, sin embargo, tres chicas se resisten a la bondad totalitaria y a las super medicinas mediante el suicidio por inanición. Esto no funciona, pero una de las chicas, Tuan Kirie, crece para convertirse en miembro de la Organización Mundial de la Salud. Como la crisis amenaza la armonía del nuevo mundo, Tuan redescubre a otro miembro de su pacto suicida, y juntas se debe ayudarse para salvar al planeta de sí mismo.
La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército. Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...
La historia se desarrolla en la Academia My?j?, un internado privado solo para chicas. Todo seria normal en dicha institución, de no ser porque todas los estudiantes de la clase de 10° grado, son en realidad sicarios encubiertos, que tienen como meta tomar la vida de Ichinose Hare. Tokaku Azuma es una estudiante recién transferida, quien también es una asesina con el objetivo de encargarse de Hare, pero poco a poco comienza a tener sentimientos por “presa”.
La trama de la historia nos habla de la cómica relación entre Masayuki Mizutani, un joven cualquiera de preparatoria junto con Sayaka Shimizu, su compañera de clases quien además vive en su casa trabajando en el servicio doméstico. Su problema es que es demasiado encimosa, celosa y entrometida. En muchos casos, como buen anime hentai, varias situaciones tendrán notables momentos eróticos.
Después de la supuesta muerta de Ai luego de los sucesos de la anterior entrega,sus tres ayudantes, Ichimoku Ren, Wanyuudou y Hone-Onna viven sus vidas en cierta calma. Esta paz es abruptamente interrumpida cuando Kikuri vuelve para reclutarlos.Misteriosamente,Ai regresa de la muerte y usa el cuerpo de una joven escolar,Yuzuki Mikage,para continuar con las tareas del Jigoku Tsūshin. Yuzuki esta consciente de la presencia de Ai ,desde luego,cuando puede ver lo que ella ve.
