Hajime Nagumo es un otaku promedio de diecisiete años. Sin embargo, su vida cambia totalmente cuando él y el resto de su clase, son convocado a un mundo de fantasía. Son tratados como héroes y tienen la tarea de salvar a la raza humana de la extinción total. Pero lo que debería haber sido el sueño húmedo de cualquier otaku rápidamente se convierte en una pesadilla. Mientras que el resto de su clase es bendecido con poderes divinos, Hajime es un Synergist, que solo tiene una sola habilidad de transmutación. Ridiculizado y acosado por sus compañeros de clase por ser débil, pronto se encuentra en la desesperación. ¿Será capaz de sobrevivir en este peligroso mundo de monstruos y demonios?

Asagiri Aya es una chica que sufre bullying en su instituto. Buscando alguna forma de escapar de sus problemas, navega por Internet en busca de distracción cuando encuentra una misteriosa web llamada Mahou Shoujo Site. Solo con ver la página, Aya se ve involucrada en el letal mundo del Magical Girl Apocalypse. Se trata de una lucha a vida o muerte contra un despliegue sin fin de máquinas de matar con faldas de volantes, todas ellas armadas con poderes mágicos y una insaciable sed de sangre y caos.