La historia se sitúa en un Japón de dentro de mil años. Cinco niños (Saki la protagonista, Satoru, Maria, Mamoru y Shun) han nacido y se han criado en un tranquilo pueblo del cual se podría decir que es una utopía, con agua abundante y verdes zonas. El mundo de esa época está gobernado por aquellos con el ?poder maldito?, también conocido como ?el poder de los dioses?: la telequinesis. Tras cierto incidente, Saki y los otros acaban descubriendo la verdadera naturaleza del mundo en que viven. Entonces se dedican a estudiar toda la historia de la humanidad para descubrir cómo ha llegado hasta ese punto. Los cinco se embarcarán en una arriesgada aventura para luchar por proteger a sus amigos en un mundo al borde del colapso.

En la Roma de Adriano, nos encontramos a Lucius: un arquitecto con poco éxito, ya que sus proyectos suelen ser siempre rechazados. Para animarle, un amigo le invita a las termas. Pero mientras se relaja en el agua, Lucius se ve absorbido por un agujero hacia el fondo de las termas? y cual es su sorpresa cuando al salir de ellas se encuentra en unas muy diferentes: las del Japón actual. Ignorante del viaje espacio-temporal que ha realizado, confunde a los japoneses con esclavos asiáticos, y cree que ha terminado en una de sus termas. Sin embargo, queda fascinado por las ideas revolucionarias que descubre en sus baños. La emoción y el calor del lugar hacen que se desmaye, y una vez despierta descubre que ha vuelto a su tiempo. A partir de entonces viajará repetidas veces a los baños japoneses, que le proporcionarán grandes ideas para sus proyectos arquitectónicos y le convertirán en el mejor creador de termas de Roma.

Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.