Una vez cada 100 años, una Ninfa implanta un huevo en una persona que entonces se convierte en el Guardián de las Hadas. Esta vez, la responsabilidad recae sobre Chagum, el segundo príncipe del Reino Nuevo de Yogo. La vida de Chagum no es fácil. Al rey, Chagum le resulta una molestia e intenta que lo maten. Como consecuencia, la reina le pide a una guardaespaldas, Balsa, que proteja a Chagum. Además de esto, seres de otro mundo, conocidos como Nayugu, le atacan constantemente para comerse el huevo que lleva el cuerpo de Chagum.

Utawarerumono es una historia post-apocalíptica centrada en un protagonista enmascarado, Hakuoro, que es encontrado por una familia de dos muchachas y una abuela en un bosque cerca de su pueblo. Al recuperarse, y ser interrogado, se descubre que tiene amnesia, desconociendo todo su pasado, incluyendo su nombre - siendo Hakuoro el nombre dado por la familia que lo acogió. Hakuoro pronto es aceptado en la aldea, pero después de poco tiempo encuentra que la vida en esta aldea está siendo oprimida por el emperador. Luego de armar de valor a toda la aldea, Hakuoro se enfrentará al poder del gobierno.

Guinko ,el personaje principal, es una de esas personas que conoce a los Mushi ,que no son ni plantas ni animales; son distintos a otras formas de vida como los microorganismos y hongos. Por su efímera naturaleza, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría excepto para un número limitado de humanos que poseen la habilidad de verlos e interactuar con ellos. El es un amo de Mushi (Mushi master, ??, mushi-shi), que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi.