Will es un chico muy trabajador que se inscribe en una academia de magia con la esperanza de convertirse en un gran hechicero. Por desgracia, su plan tiene un fallo crítico: que no tiene la capacidad de usar magia. Las miradas de desprecio de sus compañeros e instructores hacen que Will se desanime en ocasiones, pero sigue adelante con una fuerza de voluntad inquebrantable. No puede usar una varita, pero puede blandir su espada en su intento por llegar a lo más alto de un mundo dominado por la magia. Solo necesita creer en sus propios puntos fuertes y recordar la promesa que le hizo a alguien muy importante para él...
Keiji Takeda está esperando a su novia, Touka Miyashita, una chica menor de su escuela. Cuando la chica no aparece, él intenta comunicarse con ella pero no lo logra, así que cuando cae el sol, decide rendirse en la búsqueda y regresar a casa. Es entonces cuando se encuentra con un extraño hombre que vaga por la calle con lágrimas en los ojos, pero decide ignorarlo... hasta que descubre que a él se acerca una joven con capa y sombrero negros que tiene la misma cara que Touka Miyashita, su novia desaparecida.
La historia se centra en las costas de Japón, específicamente en Maiami City donde los duelos de monstruos son una gran fiebre gracias a la Corporación León que está bajo el control de su presidente Akaba. Los niños quieren ser unos grandes duelistas, así que aprenden todo lo básico en diferentes colegios, incluyendo el Yusho Juku donde están Yuya y Yuzu y la escuela más grande, el Leo Duel School (LDS). Pero un dia, Yuya terminará enfrentándose en un duelo de exhibicion ante el actual campeón del mundo de duelos profesionales.
La serie está ambientada en un futuro próximo. Yuma Tsukumo es el número uno chico malo en su escuela. Algo inesperado sucede como Ryoga Kamishiro lo reta a un duelo. Cuando la misteriosa entidad astral aparece ante ellos una nueva leyenda comienza.
En el futuro, el mundo ha dado un giro de lo peor. La civilización esta al borde de la extinción. Toda esperanza de un brillante mañana ha sido encubierto con la oscura incertidumbre. Un hombre, sin embargo, cree que puede hacer algo al respecto de esto. Con su mundo que se derrumba en el caos, un maníaco enmascarado, amenaza conocida como Paradoja, figura la clave para viajar a través del tiempo para poder eliminar el azote que el cree responsable por llevar su mundo a la corrupción - El juego de cartas Duelo de monstruos!, Paradoja, se determina a erradicar esta peligrosa amenaza en toda la historia de los tiempos, empezando a reescribir el futuro borrando el juego, una carta a la vez.
De pie en su camino están tres legendarios duelistas que harán lo sea necesario para salvar lo que esta en la linea, sus amigos, su familia y el juego que aman. Por primera vez, Yugi, Jaden y Yusei se unirán juntos y la batalla con todos su corazones en el duelo que decidirá el pasado, el presente y el futuro!.
Mil años después de los hechos sucedidos en la serie original vemos una nueva versión de la ciudad Domino ahora llamada Neo Domino City, ahora vemos a un nuevo tipo de duelos los Riding Duels que son duelos a altas velocidades sobre motos llamadas D-Wheels, pero sin dejar atras los emocionantes torneos vemos a un nuevo protagonista intentando llegar a Neo Domino City para encontrar su destino.
En la historia original, el joven Yugi Mutou resuelve el misterio de un antiguo artefacto egipcio conocido como el Rompecabezas del Milenio y es poseído por un espíritu con una gran pasión por los juegos. En adelante, él y sus amigos deben enfrentarse a los peligrosos Juegos de las Sombras para recuperar los recuerdos del espíritu.
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