La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.

Ryuu Yamada es conocido como un delincuente en su escuela. Él se ha aburrido de las clases después de 1 año de asistencia. Un día, accidentalmente se cae de las escaleras y aterriza en Urara Shiraishi, la estudiante estrella de la escuela. ¡Yamada despierta para encontrarse que ha intercambiado cuerpos con ella! Los dos intentan revertir el cambio y descubren que besándose activa el intercambio. Como sugerencia del vicepresidente del consejo estudiantil Toranosuke Miyamura, ellos reviven el Club de Estudios Supernaturales. ¡El club encuentra otras “brujas” con poderes diferentes que son activados con un beso!

La comedia romántica da comienzo cuando la estudiante de instituto Sakura Chiyo confiesa sus sentimientos a Nozaki, un compañero de clase. Debido a un malentendido, Nozaki piensa que Sakura es simplemente una fan de su trabajo como autor de manga shojo. Sakura tendrá que lidiar con sus verdaderos sentimientos mientras su relación con Nozaki va evolucionando.

Esta comedia adolescente sigue los pasos de Usa Kazunari, un chico solitario que pasa a vivir solo debido a la ausencia de sus padres por motivos laborales. Este decide mudarse a su nueva casa, alojada en el nuevo complejo de apartamentos Kawai, donde compartirá una habitación con un compañero de cuarto algo pervertido obsesionado por las chicas menores de edad y con Ritsu Kawai, un amor a primera vista.

Yuuta Togashi, un chico que solía sufrir de "chuu-2 byou" y Rikka Takanashi, que todavía tiene el síndrome, formarán un vínculo verdadero entre ambos, es decir, que comenzarán a salir. Se encuentran disfrutando de la vida, o al menos deberían. Sin embargo, Satone Shichimiya, o "Sophia Ring SP Saturn VII" como le gusta que la llamen, una amiga de Togashi y que sufre del "chuu-2 byou" como nadie, aparece de repente y pone patas arriba la vida del muchacho. Así comenzará la batalla entre "Saturn" y "Jaou Shingan".

La historia sigue a Tōya Fujii, un estudiante universitario, y su relación con su interés romántico la cantante Yuki Morikawa la cual es una idolo que se esta haciendo famosa, así como sus interacciones con la senpai de Yuki, Rina Ogata. La historia prosigue, mostrando como las vidas de Tōya y de Yuki se enfretan a los ojos de los demas.

Kurosaki Ichigo es un estudiante de instituto de 15 años, que tiene una peculiaridad: es capaz de ver, oír y hablar con fantasmas. Pero no sabe hasta dónde puede abarcar la clasificación de espíritus, ni lo que conlleva el saberlo. Un buen día, una extraña chica de pequeña estatura que viste ropas negras de samurai entra en su cuarto. Se llama Rukia Kuchiki, y es una Shinigami (Dios de la Muerte). Ante la incredulidad de Ichigo, le explica que su trabajo es mandar a las almas buenas o plus a un lugar llamado la Sociedad de Almas, y eliminar a las almas malignas o hollows. Luego junto a Inoue Orihime, Ishida Ury y Sado Yasutora se veran envueltos en diferentes batallas, las cuales iran desarrollando sus diferentes habilidades que le otorgaran a cada uno su importancia en la serie.