Segunda parte de Sword Art Online: Alicization

La historia manga está protagonizada por Honda, un esqueleto que trabaja en una librería, concretamente en la sección de manga.

"¿Dónde estoy...?". Sin recordar cómo, Kirito se ha sumergido en un nuevo mundo virtual de fantasía. Con apenas unos pequeños retazos de recuerdos sobre lo que ocurrió antes de entrar al juego, comienza a vagar por él buscando alguna pista. Finalmente llega a un enorme y oscuro árbol, el Cedro Gigas, donde conoce a un joven. "Me llamo Eugeo. Es un placer conocerte, Kirito". Aunque es supuestamente un habitante de ese mundo virtual, un mero NPC, el joven parece mostrar el mismo abanico de emociones que cualquier ser humano. Kirito forja amistad con Eugeo y continúa buscando la forma de salir de este mundo virtual. Es entonces cuando recuerda algo que ocultaba en su interior. Recuerda haber corrido por las montañas con Eugeo cuando solo era un niño... Un recuerdo imposible que no debería tener, y en ese recuerdo ve también a una niña de cabellos rubios: Alice. Ese es un nombre que nunca deberá olvidar...

¡Zambúllete en el futuro! Haruka y sus compañeros se graduaron de la preparatoria y han comenzado a dar sus primeros pasos en dirección a sus futuros deseados, aunque todos guardan con cariño en sus corazones los vínculos que forjaron nadando juntos. En Tokio Haruka se reúne con Asahi, con quien en su día nadó en relevos. Es entonces cuando los recuerdos de secundaria vuelven a Haruka, y el aspecto que tenía Ikuya en aquel entonces revive en su corazón. Makoto, que se ha mudado a Tokio con Haruka, comienza a avanzar hacia su nuevo sueño. Rin, ahora en Sydney, vive un encuentro inesperado.

Karen Kohirumaki es una estudiante de secundaria que, además de no relacionarse del todo bien con gente del mundo real, vive con la inseguridad de medir 1,83 metros. Por ello, su avatar en el videojuego Gun Gale Online mide apenas metro y medio y viste complemente de rosa. Un día, conoce de manera online a Pitohui, un avatar femenino bonito y de piel morena que desea participar en el Squad Jam, una variación del battle royale por equipos del torneo Bullet of Bullets.

Después de haber perdido un ser querido, Tooru Kokonoe se enlista en la Academia Kouryou para ganar un “Blaze”, un arma que es la manifestación de su alma, y poder vengarse. Él esperaba un arma… pero obtuvo un escudo. ¡¿Cómo se supone que busque venganza con algo que ni siquiera es un arma?!

Kirito y el resto decide lanzarse a una misión acuática dentro del mundo de ALO para que Yui pueda cumplir su deseo de ver una ballena. Mientras se preparan para partir, descubren algo que les deja impactados... a Leafa, o Suguha, le da miedo el agua. Con ello, Asuna y el resto de chicas del grupo deciden enseñar a Suguha a nadar en una piscina en el mundo real. Mientras tanto, Kirito se encuentra con alguien...

Es el otoño del 2046, Haruyuki es un estudiante de secundaria que es acosado por sus compañeros. Un día, un encuentro con Kuroyukihime, la chica más guapa de toda la escuela, le cambia la vida. A través de un programa que la chica le da a Haruyuki, este descubre la existencia del mundo virtual "Accel World". Ahora el último mono de la escuela será el "Burst Linker", un caballero que habrá de defender a una princesa.

Daichi Kakeru es un típico joven que vive su vida como alumno de secundaria y que cierto día se compra una lata de gaseosa de melón, sin saber que esta adoptaría la forma de una linda y vistosa chica a quien el chico llama "Melón". Conviviendo con la chica-lata, Kakeru conocerá a más "Akikan"s ("latas vacías"), que como Melón, poseen una apariencia femenina. El problema es que las chicas necesitan de dióxido de carbono para poder sobrevivir, y la fuente más práctica y rápida de adquirirlo es a través de un beso...

Ciel Phantomhive, Conde de Phantomhive y propietario de Juguetes Phantom, la compañía de juguetes más grande de la Inglaterra Victoriana, es un niño de 12 años y un amo exigente. Apesar de su corta edad, Ciel Phantomhive cuenta con la confianza total de la Reina Victoria para hacerse cargo de ciertos "casos" de índole extraña. A su lado siempre está Sebastian Michaels, el perfecto mayordomo inglés en todos los sentidos, quien puede, de la manera más rápida y eficiente, tanto mantener la mansión en perfecto estado como derrotar a cualquier enemigo que se atreva a interponerse en su camino. Pero qué es exactamente lo que el Conde de Phantomhive busca, y cuáles son las verdaderas intenciones de Sebastian, son las cuestiones que en realidad absolutamente nadie conoce.