Senku es un joven extremadamente inteligente con un gran don para la ciencia y una ácida personalidad, y su mejor amigo es Taiju, que es muy buena persona pero más apto para usar los músculos que para pensar. Cuando tras cierto incidente toda la humanidad acaba convertida en piedra, ellos logran despertarse en un mundo miles de años después, con la civilización humana completamente desaparecida y con toda la humanidad congelada en piedra como ellos estuvieron. Ahora es su obligación rescatar a la gente y crear un nuevo mundo.

Asagiri Aya es una chica que sufre bullying en su instituto. Buscando alguna forma de escapar de sus problemas, navega por Internet en busca de distracción cuando encuentra una misteriosa web llamada Mahou Shoujo Site. Solo con ver la página, Aya se ve involucrada en el letal mundo del Magical Girl Apocalypse. Se trata de una lucha a vida o muerte contra un despliegue sin fin de máquinas de matar con faldas de volantes, todas ellas armadas con poderes mágicos y una insaciable sed de sangre y caos.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

Guts(o Gutts) es un guerrero que lleva una espada mas grande que él, tiene una fuerza inmensa pues puede blandirla con facilidad. Es un mercenario, al que solo le importa luchar. Un dia conoce a Griffith, un caballero líder de una banda conocida como La Banda del Halcón. Guts le reta y Griffith acepta a cambio de que si le vence, él se unirá a su banda. Guts es vencido y aunque no lo acepta termina por unirse a la banda. Poco a poco la banda de mercenarios va cogiendo fama al ganar importantes batallas, todo apunta a que el objetivo de Griffith de poseer su propio reino se hará realidad. Pero la tierra de Midland esconde muchos secretos...