En un mundo cubierto de arena, un joven llamado Chakuro vive en la enorme nave conocida como Ballena de Barro que viaja por el mar de arena. Chakuro y sus amigos nunca han conocido a nadie del mundo exterior, y pasan sus días soñando con cómo sería saber más de él. Un día se encuentran con una isla a la deriva en cuyo interior Chakuro conoce a una chica.
El juego está ambientado en la era Taisho (1912-1926) y se centra en Kyoichiro Hiiragi, un chico que se muda desde su pueblo a Tokyo para estudiar en la universidad. Consigo se lleva la espada de su familia para protegerse. Cuando llega a Tokio, se ve envuelto en las artimañas del ejército imperial.
La historia se desarrolla en el año 11 de la era Meiji. El número de personas en Japón que están insatisfechas con el gobierno se va incrementando debido a la velocidad a la que se occidentaliza el país y a la prohibición de los samuráis. Para poder lidiar con la creciente tasa de crímenes, el gobierno abre una nueva prisión. A los tres hermanos de la familia Kumo se les confía el deber de transportar a esos criminales a la nueva prisión, pero eso no será algo sencillo de hacer.
Japón, siglo XIX. Yukimura Chizuru es una joven que viaja desde Edo a Kioto con la esperanza de encontrar a su padre que lleva desaparecido bastantes meses. Para ello se viste de chico para pasar desapercibida y viajar con más seguridad. Pero su primer día en Kioto, donde llega con la esperanza de encontrar a su padre, pasa por ser todo menos tranquilo... Es testigo de una pelea entre unos rounins y el Shinsengumi. Termina siendo detenida por los Shinsengumi y conducida al cuartel, donde es interrogada no sólo por lo que ha visto sino por el paradero de su padre, al que también ellos buscan desesperadamente. De esta forma, se ve abocada a integrarse dentro del cuartel con la esperanza de, antes o después con ayuda de este grupo, poder encontrar a su padre. Paralelamente, se producen una serie de hechos extraños relacionados con su padre y con una pócima que enloquece a los que la toman convirtiéndoles aparentemente en demonios. Este anime está basado en el otome-game de Idea Factory "Hakuouki", una novela gráfica dirigida mayoritariamente al público femenino. La plataforma para este juego es PlayStation 2.
La historia se centra en 7 adolecentes, quienes tienen que aprender a vivir juntos en una misma habitacion en el reformatorio de Shio. Encerrados en un infierno donde el sufrimiento y la humillacion son diario, ellos esperan un rayo de esperanza en ese mundo oscuro y encarcelado. Alrededor de 10 años después de la Segunda Guerra Mundial, un grupo de delincuentes son enviados al Reformatorio Shounan para aprender a superar las atrocidades e injusticias que encuentren allí. Un estudiante residente actúa como su mentor, enseñándoles amistad y guiándolos a enfrentarse a las dificultades.
