Todo el mundo ve a Hanabi y Mugi como una bonita pareja con una conducta excelente. Sin embargo, tras su relación aparentemente perfecta se esconde un secreto que no le pueden contar a nadie...

La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.

Justicia Akazuka, apodado como Seigi, es un joven habilidoso en las artes marciales. Seigi rescata a un anciano sin hogar de unos matones, como agradecimiento imprime en la palma de la mano de Seigi un misterioso tatuaje en. Sin embargo, no es un tatuaje normal, es un arma especial que da Seigi poderes sobrenaturales, como la deformación del espacio-tiempo. Entonces Seigi conoce a un agente estadounidense llamada Ijii, cuyo deber es recuperar los diferentes tatuajes repartidos por el mundo. Es entonces cuando Seigi decide ayudar a la agente Ijii adentrándose así en una conspiración a escala mundial.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

Japón creó un exoesqueleto armado impulsado, el Infinite Stratos (IS), y esto se hizo la corriente principal de armas. Sólo las mujeres pueden hacer funcionar el IS, ya que las mujeres dominan la sociedad sobre hombres. Orimura Ichika es un muchacho de 15 años y por casualidad toca un IS colocado en la escuela de entrenamiento pilota para IS. Él es la única persona que puede ocupar al IS y forzó para entrar en la escuela de entrenamiento. La vida ocupada de la escuela de Ichika rodeada por muchachas ha comenzado.

Ayuzawa Misaki, presidenta del consejo estudiantil, es la protagonista de esta comedia romántica con su enorme aversión hacia los hombres, lo cual resulta ser un gran problema ya que su escuela solía ser solo de hombres y la población femenina es bastante reducida. Misaki tiene un ?enorme secreto? ya que trabaja en un maid cafe y es descubierta por Usui Takumi, el chico mas guapo y popular de la escuela.

Hideki Motosuwa, quien decide abandonar el campo e irse a estudiar en Tokio para luego ir a la universidad, vive en un tiempo en el que las computadoras personales han sido desarrolladas para parecer y desempeñar funciones humanas, siendo llamadas como "Persocon". En su primer día, encuentra una de ellas tirada en la basura, tras lo cual se la lleva a su apartamento. Tras descubrir que es un modelo ‘especial’, denominado como Chobit, tiene descubrir su naturaleza a medida que se enfrenta a problemas comunes de adolescentes.