La historia empieza cuando un poderoso brujo y sabio, que salvó al mundo de la calamidad en numerosas ocasiones, se encuentra un bebé al que adopta y nombra como Shin. El bebé es en realidad un hombre de nuestro mundo reencarnado en el mundo del sabio. Este cria a Shin lejos de la sociedad y le enseña los entresijos de la magia. Una vez cumple los 15 años, el joven emprende su propio viaje pero el sabio se acuerda entonces que se ha olvidado de enseñarle sobre el sentido común y la forma en que funciona la vida. Así pues, sin experiencia ninguna con las relaciones personales, Shin llega a la capital del reino de Alsheid para apuntarse a la academia de magia.
La historia nos trasladará a un mundo en el que las hadas poseen y residen en animales, proporcionándoles poderes especiales. Extrayendo quirúrgicamente los órganos a uno de estos animales e implantándoselos a un humano, los humanos pueden invocar parcialmente a las hadas y usarlas como armas. Estos humanos participarán en las guerras y serán conocidos como "Soldados Hada". Tras el fin de una larga guerra, estos Soldados Hada pierden su propósito y deben reintegrarse en la sociedad, aunque no todos tomarán el camino de la justicia.
Nueve años después del fin de la guerra conocemos a Marlya, una nueva recluta en Dorothea, una organización dedicada a investigar y contrarrestar crímenes relacionados con hadas. Aun en tiempo de paz, la inestabilidad de la guerra todavía afecta al gobierno. Muchos criminales cargan con heridas de la guerra y los grupos terroristas buscan venganza por los actos de entonces. Una historia de soldados hada persiguiendo su propia justicia en un mundo caótico que intenta dejar atrás un conflicto.
Cuando Arata Miyako comienza a trabajar en la oficina de Shinjuku él pensaba que iba a hacer un trabajo de funcionario normal y corriente, pero en realidad iba a pasar a formar parte del Departamento de Intercambio de la Comunidad Nocturna, el cual opera en secreto en cada uno de los 23 distritos de Tokio.
El trabajo de su nuevo departamento no es otro que resolver casos sobrenaturales relacionados con seres que no son humanos.
Acompañado de su superior Kyoichi Sakaki, y por Seo Himetsuka, una obsesa del ocultismo, trabajará noche tras noche enfrentando a seres cuya misma existencia desafía todas las leyes de nuestro mundo.
En el extranjero existe una ciudad gigante, flotante, creada por el hombre: I Island. La película tendrá lugar tras el arco del examen final, en verano, pero antes del arco de entrenamiento del bosque. Asimismo, se revelará más información del pasado de All Might.
En el año 298 de la era de los dioses, las chicas de escuela primaria Sumi Washio, Sonoko Nogi y Gin Minowa son encargadas con una importante misión. Se han vuelto héroes y luchan contra Vertex, un misterioso enemigo que está atacando a Shinju-sama, el dios árbol que protege Shikoku, la única área en el mundo que es aún habitable.
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