La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.
"Oye, dijiste que querías una hermana menor, ¿no?" El padre de Toujo Basara, estudiante de primer año de preparatoria, se lo preguntó sorpresívamente haciéndolo caer en pánico. Encima de eso, el excéntrico padre le dice que se ha vuelto a casar. Él entonces viaja al extranjero después de llevarle a Basara 2 hermosas hermanastras. Las cosas no son lo que aparentan en esta serie, así es como Basara descubre que su nueva "familia" tiene algunos secretos que debe averiguar.
Hace treinta años un extraño fenómeno llamado “Terremoto espacial” devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo.
Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que causan los terremotos espaciales cuando estos aparecen en el mundo.
También se entera que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta para hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar un Espíritu, debe hacer que se enamore de él.
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