Full Metal Panic! sigue las andanzas de Sousuke Sagara, un miembro de una organización anti-terrorista privada conocida como Mithril, al que se le encarga la tarea de proteger a Kaname Chidori, una estudiante de instituto japonesa con una personalidad bastante difícil.

Nino Arisugawa, una chica que adora cantar, experimenta por primera vez el dolor de tener que despedirse de su compañero de la infancia, Momo, que se muda. Después de la partida de Momo y tras hacerse amiga de Yuzu, un compositor, ¡Nino tiene que volver a experimentar otra triste separación! Con la música como única conexión y enlace, ¿cómo acabará este amor no correspondido? Como los dos chicos le prometieron que se volverían a reunir gracias a su canto, Nino se aferra a esa esperanza y sigue intentando que su voz les llegue. Ya en el instituto, Nino vuelve a reunirse por casualidad con Yuzu, pero anhela ver a Momo de nuevo…

La protagonista de esta historia es Akko Kagari, una chica normal y corriente que tiene una meta en la vida: llegar a ser como la bruja Shiny Chariot. Para ello se inscribirá en la academia de jóvenes brujas Luna Nova, donde conocerá a otras chicas que se instruyen en el campo de la brujería. Sin embargo, allí aprenderá que Shiny Chariot no es tan respetada como ella pensaba.

En un futuro lejano, la humanidad se enfrenta a una crisis sin precedentes. En Tetra Heaven, la tierra de leyenda, se conoce la paz después de más de un siglo de guerra. Los dioses que perdieron la batalla buscaron un nuevo lugar donde vivir, y lo encontraron en Septpia, el mundo humano, al que deciden atacar. Los Logicalists que forman parte de ALCA, una agencia policial especial cuya tarea es la de proteger la ciudad de la invasión de los extranjeros, se vieron forzados a defender las ciudades. Dependiendo de su capacidad, los Logicalists pueden entrar en fase Trance con las deidades del otro mundo, obteniendo así la oportunidad de luchar en el campo de batalla. Yoshichika Tsurugi es un joven normal y corriente que, tras encontrarse con la diosa Athena después de un ataque enemigo, ve cómo su vida cambia por completo.

"Hace 15 años, un domingo, Dios abandonó el mundo, por lo tanto, nadie vive, nadie muere.En el mundo existen los Gravekeepers. Ai, una pequeña chica de 12 años, es la gravekeeper de su villa, ella preparó 47 tumbas, una para cada miembro de su aldea. Un día un Hombre llamado Hampine Hambart, el "juguete devora hombres", prende en fuego su aldea y mata a los habitantes, como coincidencia, según la madre de Ai, el nombre de Hampine es el mismo que el de su padre, por lo tanto, Ai se embarca en un viaje junto con Hampine, porque ella cree que él es su padre."

Amano Ichigo, es quien sueña con crear dulces, junto con su compañera espiritual Vainilla, y hacer feliz a la gente que los come, tal y como su abuela lo hacia. Pero, después de que el equipo Ichigo ganara el "Cake Gran Prix", Amano regresa, después de 4 años de estudiar en París, a la escuela St. Marie y ya no estará con sus viejos compañeros y tendrá nuevas aventuras.

Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell?s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.

Cuenta la historia de amor de Kotoko Aihara y Naoki Irie, desde sus duros días de estudiantes de instituto hasta después de su matrimonio. La historia comienza cuando el padre de Kotoko al fin termina de construir una casa que resultó ser inestable, puesto que se derrumbó finalmente, a la vez que Kotoko daba una carta de amor al chico que le gusta, Naoki, pero obtuvo un rechazo en el pasillo del instituto frente a sus compañeros. Después de la humillación del momento, ella decide olvidarse de él. Entonces es cuando la casa de los Aihara se derrumba, y en la miseria son acogidos por un amigo del padre de Kotoko. Cuando llegan a la casa Kotoko se da cuenta que el amigo de su padre realmente es el padre de Naoki y vivirán juntos bajo el mismo techo.

La historia comienza cuando el Dr. Akamashi, científico al servicio del gobierno, lanza un ataque de estado al Reino de Forland. En su lecho de muerte, el rey de Forland envía a su hija, la princesa Alita Forland, a buscar a su hermano Kaito, que está fuera del reino en una misión diplomática. Alita huye del castillo y consigue llegar al bosque. Cuando los guardias que acompañan a Alita son atacados por una bestia del bosque, Alita sale corriendo del bosque y tropieza con Faris, una cazarrecompensas, y éstas caen juntas por un barranco. Debido a la experiencia cercana a la muerte que han vivido las dos juntas, intercambian sus cuerpos. Por ello, la cazarrecompensas Faris deberá proteger el Reino de Forland por Alita y así nacerá su leyenda como "Murder Princess(la princesa asesina)".

Nadia es una joven aparentemente huérfana que descubre que su madre aun vive, por lo que decide viajar con un circo ambulante llamado Dandalion en búsqueda de nuevas aventuras y de su madre perdida. Durante este viaje vive encuentros amorosos, dificultades y conoce mucha gente interesante.

Mitsuki es una chica que tiene 12 años. Vive con su abuela y padece de un tumor maligno en su laringe. Cuando era pequeña, hizo una promesa con el chico que más le gustaba (Eichi) y se dijeron que ella seria una cantante y él un astrónomo. Ellos dos fueron separados; Eichi se fue a América y así Mitsuki quiere hacerse famosa para que Eichi la vea y así se puedan reunir de nuevo. Mitsuki se entera de un cásting que hacen en su ciudad en busca de una estrella juvenil, pero a causa de su enfermedad, su abuela no la deja cantar ya que esto sólo la empeoraría. Mientras estaba en casa se le aparecen dos guardianes de la muerte (Shinigamis), llamados Meroko y Takuto, ellos han venido con la misión evitar cualquier circunstancia que pudiera hacerla morir antes de tiempo. Por alguna extraña razón, ella los puede ver y aunado a esto, se les escapa que dentro de un año morirá a causa de su enfermedad, así que Mitsuki decide escaparse de casa para