Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.

La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.

En una sociedad paralela del denominado bajo mundo, hay una lucha por el control de la ciudad de Lux. Ichise, un huérfano convertido en luchador callejero por dinero, pierde un brazo y una pierna para satisfacer a un enfurecido promotor de peleas. Ya cuando estaba a punto de morir, es recogido por una joven Doctora y utilizado como un conejillo de indias para la próxima evolución de los "Texhnolyze". Con sus nuevas extremidades, Ichise se convierte en el protegido de Oonishi, un lider muy poderoso de la organización "Organ". Mientras Ichise es arrastrado profundamente en una guerra territorial sobre el control de la ciudad, este conoce a Ran una joven profeta que le habla sobre su posible futuro. Con la explosión de una gran guerra, Ichise debe revelar la verdadera historia detrás de Lux y pelear por su vida mientras se empieza a dar cuenta de cuál es su destino.