La historia da comienzo cuando una mujer se encuentra con Kujo, el que fue su primer amor, en una reunión de viejos compañeros de clase. Allí descubre que Kujo se ha convertido en sacerdote y se encarga del templo de la familia. Aunque ella piensa que los monjes no tienen relaciones románticas, una chispa desata la pasión entre ambos, lo que despierta dudas en la mujer sobre si lo que hacen es correcto.
La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
Guts es un guerrero vestido de negro de los pies a la cabeza que porta una gigantesca espada más larga que su propia estatura y un robusto brazo ortopédico de hierro... Allá adonde va se forman ríos de sangre y montañas de cadáveres. Cuando estaba en un aprieto, el elfo Puck recibe la ayuda del enigmático guerrero, tras lo cual decide seguirle. Puck, impresionado con el increíble poder de Guts, no puede hacer más que temblar ante el espeluznante mundo en el que este mora. Hordas de espectros tratan de impedir que avance hacia su objetivo...¡¿Y qué es el "estigma" que tiene en la nuca?! ¡¿Le estará empujando hacia la venganza?!