En la Europa del siglo 19, John Watson es explorado por el gobierno para convertirse en un agente secreto. Sin embargo, Watson vive en un mundo donde “Frankenstein”, cadáveres humanos que son re-utilizados con un alma falsa con el fin de utilizarlos como mano de obra, se utilizan para mejorar el desarrollo industrial.
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
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