Holmes es un joven cuya familia regenta una tienda de antigüedades en Kyoto con dos habilidades: leer a la perfección a las personas y distinguir al instante entre una antigüedad genuina y una sin valor. Cuando la joven estudiante Aoi Maki comienza a trabajar con Holmes, juntos se dedicarán a desvelar los muchos misterios que rodean a las antigüedades que llegan a la tienda.

Un grupo de tres hombres yakuza falla a su jefe por última vez. Después de arruinar un importante trabajo, el jefe les da dos opciones: suicidarse de manera honorable o ir a Tailandia y someterse a una cirugía de cambio de sexo para convertirse en idols “femeninas”. Después de un espantoso año de entrenamiento para convertirse en idols, debutan con éxito y para su consternación, con una gran popularidad. Aquí es donde realmente comienza su tragedia.

Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?

La historia se centra en el estudiante de preparatoria Seiya Kanie, un auto-proclamada genio con atractivo, intelecto, y habilidades atléticas. Un domingo, una misteriosa estudiante transferida que lleva un mosquete lo lleva a una cita en un antiguo y abandonado parque de atracciones, Amagi Brilliant Park. Él se entera de que si el parque no puede atraer a 100.000 visitantes en las próximas dos semanas, será cerrado inmediatamente. ¡Y así la comedia de negocios, Amagi Briiliant Park, da inicio!