Los Ladrones de Corazones son una banda de jóvenes que luchan por mantener el orden en la ciudad. Un día se enteran de las actividades delictivas de unos ladrones, así que hacen lo posible por detenerlos.
Han pasado 11 años desde la derrota de Dio, el archienemigo de los Joestar. En 1999, Jotaro Kujo fue hasta Morioh, en la ciudad S de la Prefectura M, en Japón, para encontrar el hijo secreto de su abuelo Joseph Joestar, Josuke Higashikata. Sin embargo, Josuke posee la misma habilidad que Jotaro: el Stand. Como si Jotaro los hubiera invocado, un nuevo grupo de usuarios de Stands comienza a actuar. Hay algo en esta ciudad... Josuke actuará para salvar Morioh, la ciudad en la que nació y creció.
La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.
La historia da comienzo cuando un muchacho de instituto llamado Yamada se topa con una preciosa chica llamada Shiraishi en las escaleras y al caer, los labios de ambos se encuentran. Mientras se recomponen del golpe, se dan cuenta de que han intercambiado cuerpos. Con el paso del tiempo ambos se dan cuenta de que su intercambio no es el único caso extraño que se produce en el instituto.
Después de los sucesos de la 1º y 2º temporada del anime; Mio, Ritsu, Yui, Mugi y Azusa hacen un viaje a Inglaterra para celebrar la graduación de las primeras cuatro y su ingreso a la universidad. Durante su viaje hay nostalgia por ser la ultima vez que Azusa estará con el resto del grupo como HTT (Houkago Tea Time) y también estará lleno confusiones al no saber comunicarse bien en un país que no conocen.
Es el último año en la Preparatoria Sakura para Yui Hirasawa, Ritsu Tainaka, Mio Akiyama, y Tsumugi Kotobuki, los miembros fundadores del Club de Musica Ligera. Junto a su joven miembro Azusa Nakano, que pasan sus días después de la escuela en la sala de música disfrutando del té, dulces y prácticar música
La historia base se centra en cuatro chicas que asisten a su primer año de preparatoria, en donde tenemos a Yui Hirasawa y su impaciencia en la búsqueda de un club del cual participar. Por otro lado tenemos a Ritsu Tainaka (baterista) quien le propone a su mejor amiga Mío Akiyama (bajista), inscribirse juntas en el club de música ligera del instituto, pero desafortunadamente se enteran que está próximo a ser cerrado debido a que todos sus miembros se habían terminado de graduar el año anterior. Debido a que el mínimo permitido para aprobar un club es de 4 integrantes, Ritsu y Mío tratan desesperadamente de conseguir que el club no sea cerrado, por lo que en el intertanto lograrán reclutar a Tsumugi Kotobuki quien les indica que solo sabe tocar Teclado. Esto significa que solo hace falta un miembro más para tener nuevamente el club en funcionamiento y es aquí donde luego de una larga espera Yui se decide finalmente por un club, precisamente el de música ligera y con esto salvándolo de la extinción. Desafortunadamente el club requiere de la pieza clave de toda banda musical: el guitarrista, y Yui no tiene experiencia alguna con ningún instrumento.
Josef y Jotaro han reunido varios guerreros místicos cada uno con poderes, representando las cartas de Stand (Una variación de las cartas del Tarot), con Jotaro teniendo poderes sobre el más poderoso Stand (el Star Platinum). El propio Dio ha reunido guerreros Stand y juntos a ellos luchará por el destino de la madre de Jotaro (Holly) y la dominación del mundo.