En 1989, Joseph viaja a Japón en busca de la ayuda de su nieto Jotaro Kujo, dado que ambos han desarrollado un misterioso poder conocido como Stand en el momento en el que Dio vuelve a la vida, ahora usando el cuerpo de su ancestro Jonathan Joestar a su voluntad. Como resultado de esto, la madre de Jotaro cae enferma al desarrollar un Stand que no puede soportar dado las condiciones de su cuerpo. Jotaro y Joseph, acompañados de Mohammed Avdol, Noriaki Kakyoin, Jean Pierre Polnareff y el perro Iggy, viajan a través de Asia para encontrar a Dio y matarlo para curar a la madre de Jotaro, luchando contra otros usuarios de Stand enviados por Dio en el camino.
La historia comienza con Jonathan Joestar, que vive con su padre George en Inglaterra con un nivel económico alto. Otro chico Dio Brando es adoptado por ellos dos ya que George creía que su padre Dario Brando les había salvado la vida. Jonathan trata de ser amigo de Dio, pero el plan de Dio es llevar a JoJo a la locura y ganar la confianza de George para conventirse en el heredero de la fortuna Joestar. Para lograrlo Dio golpea a Jonathan, besa a su novia Erina y quema a su perro Danny, y al mismo tiempo se gana la confianza de George con sus buenos modales, pero eso es solo el comienzo todo se complica cuando DIO se cruza con la "mascara del demonio" y su odio por jojo deja de ser un asunto de dinero. La Historia sigue con todos los susesores de Jonathan Joestar(JoJo), hijos, nietos que comparten sus ideales
2019: sobre las ruinas de Tokio se alza la metrópolis de Neo-Tokio, una ciudad opresiva e inhumana donde la violencia, el terrorismo y la droga son problemas cotidianos. Las sectas religiosas y los grupos extremistas, aprovechándose de la insatisfacción de los ciudadanos, cultivan el mito de AKIRA, un "niño cobaya" depositario de la "energía absoluta" cuya resurrección significaría para Japón el amanecer de una nueva era. El gobierno experimenta sobre niños con poderes psíquicos para represar la ciudad. Mientras la historia se centra en dos motociclistas callejeros, Kaneda y Tetsuo, muy buenos amigos que, cuando Tetsuo sufre un choque contra un niño psíquico en una pelea de bandas, obtiene poderes que poco a poco se incrementan, provocándole alucinaciones y poderes paranormales increíbles. Mientras Tetsuo Libera caos en la ciudad y descontrol total para demostrar sus poderes creyéndose un Dios, Kaneda lo intenta detener antes que sea su fin, o del mismo Neo-Tokio.
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