El universo de Dies irae se basa en una historia alternativa a la que conocemos en la cual en 1945, la apunto de caer hegemonía nazi de Alemania da un último coletazo y varios militantes intentan realizar un peligroso ritual para revivir a “la Orden Longinus Dreizehn” pero nunca más se supo qué fue de ellos. Sin embargo, prometieron que algún día regresarían para acabar con el mundo. En el Japón de la actualidad, Fujii Ren, el protagonista, se recupera tras dos meses de hospitalización tras una pelea con su ex-mejor amigo, Shiro, quien lo traicionó, y ahora intenta recuperar la normalidad a su vida antes de que llegue la Navidad. Pero unas extrañas pesadillas que tiene sobre la Orden Longinus Dreizehn parecen estar relacionadas con el despertar de estos nazis desaparecidos que lo acabarán llevando a luchar en esta guerra por el fin del mundo.

"Ash, un chico de Pueblo Paleta, se queda dormido la mañana de su décimo cumpleaños, la edad en la que ya se le está permitido ser Entrenador Pokémon. Ash está deseando conocer pokémon que nunca ha visto y explorar el mundo pero, por quedarse dormido, el único pokémon que queda para que le acompañe en sus viajes es un Pikachu. Los Pikachu son conocidos por no apegarse a los humanos pero, conforme se enfrentan a adversidades, los dos van entablando una amistad. Cuando ven un Ho-Oh sobrevolarles, se prometen que lo buscarán y tocarán una de sus alas de arcoíris. Además, en su viaje se encontrarán con dos entrenadores más, Makoto y Soji, que se unirán a ellos en su camino. El grupo será seguido por Marshadow, un misterioso Pokémon que les revela que aquellos guiados por el ala de arcoíris conocerán a Ho-Oh y se convertirán en los Héroes del Arcoíris. En su aventura en busca del Ho-Oh hacia el Monte Tensei se encontrarán con un adversario que les intentará impedir llegar a su destino. ¿Lograrán encontrar a Ho-Oh?".

Toru Acaru, un tipo vago, pero con algunos talentos escondidos, es forzado por su hermana Akari a salir de su cueva y buscar trabajo, como cualquier persona normal de la ciudad. Todo esto cambia cuando se encuentra con Chaika Trabant en el bosque, una misteriosa chica que parece albergar alguno que otro secreto. Ocurre muy rápido, son atacados por una misteriosa criatura, que parece seguir a la enigmática chica.d

Takeshi Nanase es un estudiante de secundaria quien tiene un pasado un tanto oscuro. Debido a ciertas circunstancias, decidió empezar una relación de pareja "falsa" con su amiga de la infancia, Kurumi Isoshima. Sin embargo, un día, Takeshi se encuentra con Mui Aiba, una chica que lleva puesto un uniforme que nunca había visto antes, desplomada en el suelo de su instituto. Este encuentro cambiara el destino de Takeshi por completo, pues esta chica le cuenta a Takeshi que es una maga, y se disculpa con el, pues le ha convertido en mago también. Así pues, Takeshi descubre que no hay uno, sino dos mundos, el de los magos y el de los humanos.

Cada 30 años, una nueva princesa es elegida entre las mujeres del clan Hime. El momento ha llegado de nuevo, y la única mujer nacida en el clan Hime en los últimos años es la quinceañera Arata. El único problema... Es que Arata es en realidad un hombre, forzado por su abuela a ocupar el lugar de la princesa hasta que se encuentre una mujer de verdad, Arata acude al festival solo para ser testigo del asesinato de la princesa actual a manos de sus propios guardias. Ahora, acusado injustamente de ser el asesino de la princesa, Arata huye para salvar su vida... hasta que, de pronto, Un Arata de nuestro mundo se intercambia con el otro Arata