Su vida pasada y su vida actual se cruzan: ¡un chico con recuerdos de dos vidas se enfrenta a su destino! Después de que su madre fuera asesinada siendo pequeño, el huérfano Rio luchó con todas sus fuerzas para sobrevivir en los barrios bajos. Un día se despierta con los recuerdos de Haruto Amakwa, quien murió en un accidente mientras soñaba con reunirse con su amigo de la infancia, y Rio se da cuenta de que se ha reencarnado en un mundo de espadas y brujería. No solo eso, sino que, tras ayudar a detener un intento de secuestro de una princesa con la que se tropezó, acaba inscrito en una famosa escuela donde se reúnen los hijos de la nobleza… Rio intentará ascender desde lo más bajo de una sociedad jerarquizada y vivirá nuevos encuentros y despedidas mientras lucha por superar el destino.

Mi amiga de la infancia, Shida Kuroha, parece tener sentimientos románticos hacia mí. Ella es también mi vecina, y es pequeña y linda. Con una hermosa personalidad, ella es como mi hermana mayor, y esa es una de sus principales fortalezas… Pero yo ya tengo a alguien que me gusta, la hermosa idol de la escuela, Kachi Shirokusa. Aunque pensándolo bien, yo no tengo ninguna oportunidad con ella, un día, caminando desde la escuela hacia mi casa, ella me habló y me sonrió. Entonces, tal vez tengo una oportunidad, ¿no lo creen? O eso pensaba, puesto que me enteré de que Shirokusa ya tiene novio, por lo que mi vida se ha vuelto peor. Quiero morir. ¿Por qué ese no soy yo? Incluso aunque ella es mi primer amor… Mientras me hundía en mi propia desesperación, Kuroha mencionó: “Si es demasiado duro para ti, ¿por qué no nos vengamos? La mejor venganza de la historia…”

Daigo Kagemitsu es un temible samurái que entregó su futuro hijo a demonios, a cambio de ver cumplido su sueño de conquistar el país. Al cabo del tiempo, nació un niño deforme, al que faltaban cuarenta y ocho partes de su cuerpo. Su ambicioso padre lo arrojó al río, pero el pequeño logró sobrevivir y, con el tiempo, convertirse en un diestro espadachín llamado Hyakkimaru, «pequeño monstruo». Años después, con la ayuda del joven y avispado Dororo, quien afirma ser el mejor ladrón de Japón, Hyakkimaru emprenderá un viaje a lo largo del cual se enfrentará a los demonios para recuperar las partes de su cuerpo.

La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.