Hanato Kobato, quien siempre va acompañada por un perro de peluche (Ioryogi) y lleva consigo una extraña botella de cristal, cual tiene la misión de sanar el corazón de las personas para que esta botella se llegue a llenar. Cuando la botella se llene, Kobato podrá ver hecho realidad su deseo.
Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.
Saya es una estudiante que lleva una vida tranquila con su familia, con una excepción: ella no recuerda nada acerca de su vida anterior al último año. Un día, un inesperado evento transforma su pacífica vida en una aventura caótica. Un apuesto músico que viste de negro se aparece ante ella, su nombre es Hagi(pronunciado:hatgi). En el momento en que pone en sus manos una katana, la historia comienza un nuevo curso.
La historia se centra en Misaki Suzuhara que, al llegar a Tokio, donde va a vivir de ahora en adelante, aprende lo que son "ángeles", muñecas de pequeño tamaño, comprables en las tiendas, y cuyo juego de lucha es de los más populares allí. Con la ayuda del misterioso Itchan, Misaki se inicia en el mundo de las luchas de ángeles, haciendo amistades y descubrimientos en el terreno de batalla que lograrán que lo vea como algo más que un simple juego.
Saya es la última de los vampiros en este mundo. El ejercito de los Estados Unidos la protege y usa para cazar a unos seres de apariencia humana, que se alimentas de la sangre humana llamados "quirópteros". En su última misión, Saya debe cazar a una de estas bestias que parece estar atacando a miembros de una base naval norteamericana en Japón. Antes de poder matarlo, Saya primero tiene que saber quién es el quiróptero, y se ve forzada a acudir como alumna a la escuela de la base.