Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
Sakura Ichiko es una joven de 16 años de edad, quien lleva una vida de ensueño y ha sido bendecido con belleza, inteligencia, y salud. Ella posee una gran cantidad de "Energía de la Felicidad", que puede hacer feliz a la gente, pero a costa de la "Energia de la Felicidad" de su entorno. Sakura ha hecho que el balance de energía del mundo se desequilibre, y debido a esto, se convierte en el blanco de un Dios llamado Momiji. El objetivo de este Dios es eliminar el poder de Sakura, y reestablecer el balance de la energia.
Yu-Gi-Oh (Significa Rey de los Juegos), Su personaje principal Yugi M?t? en compañía de sus mejores amigos Katsuya Jonouchi (Joseph Wheeler), Anzu Mazaki (Téa Gardner), y Hiroto Honda (Tristán Taylor), pero también tiene la compañía de un espíritu de un Antiguo Faraón "Atem"; tienen aventuras que están estrechamente ligadas a un juego de cartas "Duelo de Monstruos", un juego ligado con el pasado de egipto el cual se jugaba en tiempos antiguos y que es descubierto por Pegasus J. Crawford (maximilian Pegasus), este es el creador de el Juego "Duelo de Monstruos" tomando como base lo que paso en egipto hace mucho tiempo. Del juego se crean torneos y campeonatos nacionales e internacionales, participando Yugi M?t? obteniendo el titulo de "Rey de los Juegos". Yugi M?t? y su contraparte el Antiguo Faraón "Atem" se enfrentan a muchas vicisitudes ocasionadas por enemigos en su mayoia del pasado de el faraon, teniendo el faron con la ayuda de Yugi la labor de detenerlos.
Tras ser definitivo el término de la guerra de un año, UC 0087. Siete años después, la libertad aun se escucha en voz alta por parte de los pobladores de las colonias, exigiendo justicia y libertad pero parece no importarle el tema a la corrupta Federación Terrestre, haciendo todo lo contrario enviando a sus fuerzas llamados 'Titans' para reprimirlos con violencia. Esto hace que un grupo de rebeldes cobre fuerza llamados AEUG quienes ya se encuentran listos para combatir. Lanzado el primer ataque por parte de los 'AEUG' sobre el cuartel de los 'Titans' esto se convierte en una guerra civil dejando de ser un tema exclusivamente político. Un intrépido joven se une al conflicto, Camille Bidan que se convertirá en el piloto 'Gundam' de una nueva era.