Keitaro Gentoga es un universitario que odia a los fantasmas. Por desgracia para él, tiene un don para atraer a los espíritus. Hace dos años, esta conexión le llevó a recibir una herida espiritual en su mano derecha, quedando su amigo atrapado en el fuego cruzado. El suceso le hizo encerrarse en sí mismo, dejándole con muy pocas habilidades sociales. Afortunadamente, Keitaro está empezando a mezclarse poco a poco con la sociedad, gracias a la ayuda de su amiga de la infancia, Eiko Hozuki. Como parte de su rehabilitación, Keitaro acepta el trabajo a tiempo parcial de profesor particular, y su primera alumna no es otra que la prima de Eiko, Yayoi Hozuki. Además de ser una niña prodigio, hay otra peculiaridad en Yayoi: tiene una constitución espiritual, al igual que Keitaro. Sin embargo, a diferencia de Keitaro, ella anhela encontrarse con espíritus, con la esperanza de encontrar al fantasma que se llevó a su madre. A medida que Keitaro es arrastrado por Yayoi y Eiko a lugares embrujados, su trabajo a tiempo parcial parece alejarse cada vez más de su propósito original.

Chise Hatori, 15 años. Perdida, sin esperanza y sin familia, la compran por dinero. Pero quien la compra no es otra persona, sino un hechicero no humano llamado Elias. Aunque al inicio duda, la joven comenzará una nueva vida como su aprendiz y futura esposa. Se muda y comienza a vivir una nueva vida pacífica, tranquila pero firme, hasta que un día encuentra un libro ilustrado japonés entre los muchos que le envía Angelica desde Londres. Es un libro que ella descubrió en sus años jóvenes, cuando todavía estaba sola y desamparada.

En el Mundo de los Muertos, los altos cargos portan armas llamadas "Guadañas Mortales". Éstas se consiguen cuando el alma de una Guadaña (creada por un Técnico especialista) consigue comerse 99 almas humano-demonio y 1 alma de bruja. Pero la vida no siempre es fácil, ni para Técnicos ni para Guadañas, y puede costar trabajo llegar a ser una "Guadaña Mortal". Soul y Maka son los protagonistas de este anime (Soul el arma y Maka el técnico) junto con Black Star y su arma Tsubaki, y Death the Kid con las hermanas Thompson como armas (pistolas).