El pueblo de un otrora, próspero reino, ahora sufre el caos y la opresión de su nueva gobernante, la malvada Sennin Dakki, a quien acompaña su grupo de malhechores. Ante tal situación, el consejo de los Sennin ha preparado el "Proyecto Honshin" por el cual han designado al joven aprendiz Daikobo para reunir a un grupo con el que capturar y sellar a todos los Sennin malvados del mundo y establecer un nuevo reino.
La historia está protagonizada por una liga de figuras literarias con poderes sobrenaturales, como Ryunosuke Akutagawa, que en la vida real escribió varias novelas y en el manga tiene el poder de transformar su capa en una especie de monstruo. Él y sus compañeros escritores se dedicarán a resolver misterios como parte de la “Agencia Armada de Detectives”. Otros autores japoneses que aparecen en la obra son Rampo Edogawa, Kenji Miyazawa, Osamu Dazai, Atsushi Nakajima, Akiko Yoshino, Yukito Ayatsuji(Another),Natsuhiko Kyogoku (Loups-Garous), Agatha Christie o Dan Brown.
Una brecha entre la Tierra y los inframundos se ha abierto sobre la ciudad de Nueva York, atrapando a los neoyorquinos y a criaturas de otras dimensiones en una impenetrable burbuja. Han vivido juntos por años, en un mundo de loca ciencia ficción. Ahora alguien amenaza con destruir la burbuja, y un grupo de súper humanos con estilo está trabajando para evitar que eso suceda.
Un día de verano… De repente, un ataque bomba de un grupo terrorista azota Tokio. Los culpables de tal acto que ha despertado a toda una nación complaciente, fueron dos simples muchachos. Ahora a los culpables se les conoce como “Sphinx” y dan comienzo a un juego a gran escala que involucra a todo Japón.
La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.
La historia se traslada a dos pequeñas aldeas japonesas en la era Keichou, exactamente en el año 1614 A.D. y narra la rivalidad de los clanes enfrentados durante mas de 400 años por el odio entre las familias. Los actuales representantes, Kouga Danjo de Kouga y Ogen de Iga no consiguieron fraguar su amor y resolver definitivamente esta rivalidad por lo que intentan conseguir que sus sucesores Gennosuke y Oboro cumplan su amor y puedan acabar con este enfrentamiento sin sentido; pero donde hay amor habrá muerte y sus planes se ven estropeados cuando Ieyasu, el actual Shogun, decide rivalizar a Kouga e Iga para ver quien de sus dos nietos será el próximo Shogun. En caso de que Kouga gane Kunichiyo sería el próximo Shogun y Kouga podrá vengar su rivalidad con Iga y ser protegida durante los próximos mil años, pero si Iga acaba con Kouga Takechiyo será el próximo Shogun. Dos pergaminos inscritos con los 10 mejores guerreros ninja de cada aldea son enviados a sus respectivas aldeas con el fin de comenzar el terrible duelo que una vez mas estropeará el destino de los sucesores de las dos aldeas e impedirá que su amor surja...